对晚清孔庙从祀历程的追溯表明，发起从祀首先是一项文书工作，从祀成功的前提是公文要写得漂亮。具体而言，第一是符合程序，从祀请求一般由地方士绅递上呈文，地方政府转呈，再由一省学政或巡抚正式奏请，这样最为名正言顺，再者由科道官在朝廷直接提起，也有不少成功的案例；第二是要件充足，请祀奏疏要附事实清册，除胪列生平、著述外，还要提供引用及论赞情况，这些引述又以钦定书籍及已经从祀孔庙先儒的言论最为权威；第三是找到合适的比照对象，一定要为请祀的先儒找到已经入祀的某位或某几位先儒作为参照，相当于其他行政事务中的先例。

推动从祀最常见的动力是地方竞争。发起从祀呈请的大部分是地方学政、督抚，而在大多数情况下，是更具体的县域士绅在推动地方官府的行动。这些士绅出于对本乡本土某位先儒的崇敬，感到有责任为乡贤争地位，乃至为尚未进入孔庙的乡贤鸣不平。有时是某位“好事者”的多年努力，有时是几位士绅的共同发起，由县而府，由府而省，最终上达天听。

在张履祥的例子中，是封疆大吏先有呈请从祀的意图，再授意地方士绅按次序提出呈请，令人怀疑其他从祀诸儒是不是也有类似情景，只不过文献不足无法确证。即便在这次请祀中，地方官府的意志也要通过士绅去触发请祀的程序，恰说明晚清孔庙从祀“自下而上”的特征。这与清代前期皇帝对于孔庙事务的直接干预形成明显对比。

孔庙从祀常被解释为朝廷在挥舞意识形态指挥棒。但在大多数情况下，与其说从祀某位或某类先儒是国家的有意作为，还不如说是地方士绅扩大本地文化影响的持续努力，只是为了目的的达成，有意利用了国家意识形态方面的特定需求而已。即便是在危亡时期得以从祀的古代名臣如文天祥、李纲、韩琦、陆秀夫等，也是由地方先提出，朝廷顺水推舟予以从祀的。

如果我们把孔庙看成古代国家意识形态的展示空间的话，那么很难说晚清国家对于意识形态有什么清晰的既定策略。我们看到的，只是根据具体情势而随时作出的调适，有时这种调适相当滞后，有时甚至处于左支右绌的尴尬境地。这主要是因为，推动先儒从祀主要对地方或特定学派有意义，朝廷缺乏在这一领域精心谋划的动力。

进入孔庙对于儒者的意义何在呢？

从祀的实质并不是对儒者思想贡献的承认，而是以既定的道统内涵来改造他们的思想面貌，也就是说，不是儒者丰富了孔庙，而是孔庙限定了儒者。特别是宋代以后的儒者，他们思想中符合“正统性”的那部分被强调出来，思路多歧的各家流派似乎变成了程朱一系理学的不同变种，就连明显因为政治作为而入祀孔庙的人，也一定会被加上一层理学的外衣。大多数人都不是以本来面目进入孔庙的——当然，孔子本人也包括在内。

不过，在孔庙中拥有一席之地也有好处，那就是为政治上比较敏感的儒者提供一层安全保护。例如，黄道周因抗清而死，在清代刊刻他的著作、编印他的年谱都要冒政治风险，但在他从祀孔庙之后，人们就可以将从祀的文件刊于卷首，作为一种安全声明。

然而，当时代的车轮继续向前，顾炎武、黄宗羲、王夫之三位“真正的”思想家被提上孔庙从祀日程的时候，一切都好像有点不一样了。