1902年12月，邓实、黄节等在上海创办《政艺通报》，介绍西方的政治与科技；1905年初，他们在上海成立了国学保存会，随即发行《国粹学报》，以“发明国学，保存国粹”为宗旨，既宣传“排满”革命，同时主张保存本民族固有之文化。这一派的主要人物除了邓实、黄节外，还有刘师培、黄侃、马叙伦等人，章太炎隐然为其领袖。学者将这一派称作国粹派或国粹学派。

即使是在国粹派的论述中，“国粹”的含义也比较含混而复杂，但是其核心意义则在于，能够适应于当代的形势与需要、有助于解决时代危机与民族危亡。在这种“古为今用”原则的指向下，顾、黄、王三人被从古代大儒群像中择选出来，成为“国粹”最耀眼的代表。

可是，三儒从祀孔庙却在国粹派那里引发了截然不同的反应。

光绪三十三年（1907）九月二十日，在从祀尚未定议之前，第34期《国粹学报》在卷首的“社说”一栏刊登了黄节的《明儒王船山黄梨洲顾亭林从祀孔庙论》。从这篇“社说”的题目就可以看出，其立论的根本乃是强调三人的明代遗民身份。黄节称，如果以道德、志节与学术而论，将三儒“位之两庑，诚无愧色”，但是三人自始至终以明臣自矢，“以出处而论，则三先生皆明之职官……以三先生心志而论，则皆不愿为贰姓之臣民”，因此，应当以明儒从祀，“否则非所以尊三先生也”。如果将他们“位置于国朝儒者之次，则其名为失实，以其自称为明臣，而祀之以国朝儒者，则其鬼亦不歆两庑”。两庑群贤，本来是人伦的师表，可是将三儒以“国朝儒者”从祀，虽然“隆以死后之典礼”，却“夺其生前之志节”，对于人伦世道无益反害。黄节认为，清廷之所以将他们认作“国朝之儒”，原因在于《国史儒林传》收录了三人的传记，而当日史臣的做法显然有所不当：即使“不能位置三先生于《明史》，犹当援《宋史·周三臣传》例，为三先生立《明三儒传》”。

接着，黄节笔锋一转，称“今之是非，有大异乎人者，不必为世道人伦计也，但借前人以为之傀儡，而徇其一时之智术而已”，三儒只不过是被清廷所利用的工具，与其所宣称的“光国粹”并无多大关系，而且三儒之“志节无待议礼者之表扬，亦无关于从祀与否之轻重”。最后，黄节引用徐鼒《小腆纪传》称扬顾炎武的话：“宁人恪守母训，不事二姓，迹其弓箭桥山之拜，牛羊塞上之吟，盖欲以子房报韩之心，为端木存鲁之计……而使后起少年，推以多闻博学，其辱已甚”，认为其时清廷从祀三儒，仅仅依据其“多闻博学”，而弃三人之气节不讲，实在是对三儒的辱没。

相比于黄节而言，章太炎的说法就没有那么温文尔雅了。次年，他在《民报》上发表了《王夫之从祀与杨度参机要》，对清廷的举动表示了极大的蔑视。他首先调侃道：“满洲政府以顾炎武、王夫之、黄宗羲为汉土学者所宗，奉其主，纳之两庑，为收拾人心计，亦犹使衍圣公为山东学务总稽查也。公不省学，借巡视以狎娼优，徒为士民笑悼，三老之入两庑，驳议嚣然”，又称“彼佞臣媚子之用心，则以为使民乡方，莫两庑祀典若也”。这种将清廷从祀三儒判定为“收拾人心”的诛心之论甚为直截简便，后世论及此事的学者也大多不出此论。

同是宣扬保存国粹，同样是把顾、黄、王三人当作国粹的代表性人物，朝野两方对于从祀的态度差别却如此之大，原因就在于双方对“国粹”的理解不同：在朝的张之洞等人所认同的国粹，偏重在思想学说方面，关注点在三儒的著述是否合于古道与时势；在野的黄节等人所认同的国粹，则偏重在政治立场方面，关注点在三儒的志节是否有助于政治革命。自然，这种区分不是绝对的，朝廷同样也表彰过三人的气节，而国粹派也对三儒的学术成就赞赏有加，但是，一旦涉及政治上的分歧，两方的立场差异立刻就会凸显出来。

即使同样是评论三儒的学术，朝野两方也有极大的差异。这里仅以顾炎武为例，在从祀事件的各类上谕、奏折、说帖中，无一例外的，将经学成就（如《左传杜解补正》《九经正字》《音学五书》等）作为顾氏最重要的学术贡献。无论是称其“国朝之最”，还是“汉学开山”，其理论依据首在经学，而为时人所艳称的顾氏经世之学，也被看作“根柢六经”，是通经致用的典范。

可是在国粹派的论述中，顾氏的首要贡献在于分别“国”与“天下”。在《国粹学报》创刊号上发表的《国粹学报叙》中，就标举了顾炎武的“亡国与亡天下之辨”，将其作为“保存国学”的理论前提：“何以有国与天下之分？盖以易朔者，一家之事，至于礼俗政教澌灭俱尽，而天下亡矣。夫礼俗政教，固皆自学出者也，必学亡而礼俗政教乃与俱亡……自三代以至今日，虽亡国者以十数计，而天下固未尝亡也，何也？以其学存也。而今则不然矣，举世汹汹，风靡于外域之所传习……自疑其学为无用，而礼俗政教将一切舍之以从他人。循是以往，吾中国十年后，学其复有存者乎？”又将顾炎武之学称作超出“君学”“国学”的“群学”（即天下之学，或曰社会学、风俗学），很明显地有将现实政权（清廷）与文明社会（天下）区分的倾向。而这种倾向显然与国粹派“反清排满”的政治立场密切相关。

在国粹派的眼中，顾、黄、王三人甚至成了本可以挽救中国免于灭亡的救世主：“明之季，国既亡矣……东南有亭林、梨洲、船山，皆思本所学以救国，著书立说，哭告天下，而天下人不应，漠然若毋动其中，而神州遂至陆沉。”如今他们再次宣扬三人的学说著作，其目的也在于挽救神州再次陆沉。但他们对于三人解释和塑造，与清廷的官方说法有着很大的距离。他们并不是反对将三儒从祀孔庙，而是反对将三儒以清廷所打扮的面目从祀孔庙。

由此可见，在朝主张保存旧学的人物与看似持同样主张的在野士人其实有着根本的区分，虽然他们使用的语汇一致（如国学、国粹等），论述模式也大致相同，但双方背后的政治关怀却大相径庭。