与制度上将孔庙升为大祀形成鲜明对比的是，实际举行的孔庙祀典却显得非常冷落。举行于孔庙祀典升格次年春季的丁祭就有许多满汉官员缺席，清廷为此还发出申斥的上谕，说近来陪祀孔庙的官员们，不但不遵守礼仪规矩，到场人数也寥寥无几，“殊属不成事体”。

对祀典日益失去兴趣的背后，是对此类礼仪的功用不再抱有信心。既然连最高规格的祭祀典礼都“不成事体”，那么孔庙的日常维护就更谈不上了。孙树义《文庙续通考》的跋语说：“中国祀典，文庙最重，两庑从祀诸儒，代有增加。顾春秋祭祀外，无人过问，旧时位次，或因参加而凌乱，或奉明令而尚未参加，盖有司笾豆循例陈设，其他皆缺焉不讲久矣。”一方面是朝廷对孔庙的推崇不遗余力，一方面却是孔庙管理的混乱和人们普遍的冷漠。

不仅朝臣已经厌倦此类虚文，社会舆论中也出现了不以为然的声音。针对孔庙升为大祀，清末曾有人作诛心之论说：“虏廷以革命风潮起于新学，遂尊孔子为上祀，冀以君臣之义钳制之……不悟‘革命’二字，出于孔子《易传》，而尊周攘夷，《春秋》并著其义，周王可尊，未闻虏王之可尊也。使周王而暴戾无道，则革命者亦自为顺天应人，况山戎之当斩者乎？”这种伎俩不会起到作用，“稍有知识者，犹不见听，岂区区典秩牲牢之变易，而遂可以迷乱人心者？”清廷升格孔庙祀典只不过是“假托先圣威灵，以为胡虏藏身之固”，皇帝对圣人行三跪九叩礼，反而对圣人是一种辱没。（无俚：《孔子非满洲之护符》，《民报》第11号，1907年1月25日）在“反满”人士的心目中，孔庙之所以失去信誉，是因为它和清政权的关系太过紧密，甚至被用作“满洲之护符”。

坛庙祭祀本来是礼乐制度的重要组成部分，现在却广泛地被视为“具文”，说明朝堂之上的思想氛围日益趋向实用，更体现出礼乐制度作为一种政治理念正在被当权者所放弃，可是，通过制礼作乐来实现政治目标，正是中国思想传统最根本的特点之一。因此，朝廷对如孔庙等此类典礼的强化，有其可以理解的逻辑，那就是在实际政治变革不得不吸取西方制度的同时，力图在意识形态方面仍然保有中国本土的特色。自然，维持“孔教”的直接动机包含着对权力的贪恋，但是权力的背后是秩序，并不能因此而将延续中学的努力全部归因于统治集团的自利行为。

强化孔庙的权威与影响力可以有两种思路：一种是外在的制度性安排，亦即祀典的升格；另一种则是内在的涵盖面扩张，亦即纳入社会上的新兴偶像。已经入祀两庑的先儒虽然灿若群星，但是在提供医治现实病痛的药方上却都力有未及，无论是传经还是卫道，无论是汉学还是宋学，甚至包括传统意义上的“经世之学”，似乎都对日新月异的社会变革无能为力。与此同时，士人中间却逐渐凸显出一些以前并不那么显赫，或者并不以现在这种面目出现的先儒或者著作。这些人与书经过重新阐释而开始具有这样或那样的“现代意义”，既可传续古老的学统，又可解决现实的问题，显然是孔庙注入新鲜血液的首选。

顾炎武、王夫之、黄宗羲正是这样的“新神”。