三儒既为“国粹”，“粹”在何处呢？反对从祀者的态度更能说明这个问题，而他们所举出的理由，绝大多数与正在进行的立宪进程有关。

光绪三十二年（1906）七月十三日，清廷宣布“仿行宪政”，《宣示预备立宪先行厘定官制谕》提出“大权统于朝廷，庶政公诸舆论”的立宪原则，同时又派载泽、世续、那桐等十四人为编纂官制大臣，并设立编制馆，重新厘定官制；三十三年（1907）七月五日，又成立宪政编查馆，作为设计宪政制度的专门机构，以后凡有关系到宪政及各种法律的条陈，一律由该馆议覆。三十四年（1908）八月一日，颁布《钦定宪法大纲》及《逐年筹备事宜清单》，宣示将在九年之内完成立宪的准备，九年之后“仿行宪政”。清末的预备立宪在国内外的强大压力下艰难前行。

三儒从祀论争从光绪三十三年正月开始，到次年九月方告结束，而这段时间正是清末预备立宪急速推进的时期。在这种背景下，先儒从祀孔庙虽然是不急之务，但是由于顾、黄、王三人都有鲜明的政治立场与政治主张，此时三人在社会上的形象又是新政治理念的“先知”，所以三儒最终得以从祀实际上具有非常明确的政治意涵，那就是以之表明清廷宣示预备立宪的诚意与决心。

早在清廷宣布预备立宪以前，关于是否应当实行宪政、实行宪政的日程安排及其具体内容方面，一直存在着广泛的争论，这种争论随着立宪的进展而日趋激烈，这是光绪三十三年至三十四年顾、黄、王三儒从祀争论的政治背景。事实上，在从祀与立宪这两场看似毫无关系的论争之间，无论是人事方面还是立场方面都有密切的联系。

四份主驳的说帖分别署名理藩部尚书宗室寿耆、左侍郎堃岫、右侍郎恩顺，内阁中书王在宣，礼部郎中龄昌，法部主事梁广照。理藩部的说帖比较简短，大意是说三儒生平学术“有密有疏，纯驳互见，究未臻纯粹以精之诣”，能够入祀乡贤祠已经足以表彰，无需从祀孔庙。这仍是延续以往驳议的论调，并无新意。梁广照的说帖引曾国藩对于王夫之的评语“著述太繁，纯驳互见”，其著述中流传最广的《读通鉴论》与《宋论》仍存门户之见，持论往往过中；顾炎武的著作如《日知录》《天下郡国利病书》不过采摭旧闻，《郡县论》虽锐意复古，但并不可行，只不过是一时激愤之言，“语以经济，实非所长”；黄宗羲“学本姚江，而见理甚浅”，所辑《明儒学案》《宋元学案》瑕疵甚多，尤以《明夷待访录》的《原君》《原臣》两篇“于《孟子》《公羊》妄加附会，语多流弊”，所以“其命名虽比于箕子，而立志实托于殷顽”。总之，三儒“质兼狂狷而学养未纯，运值颠危而情怀多郁”，谈不上是醇儒，不宜从祀。

表面看起来，梁广照对三儒的负面评价仍然是在延续过去的官方意见，尤其是《四库提要》的看法。如他说顾炎武“语以经济，实非所长”，显然就来自《提要》对《日知录》的评语，所不同的只是他提到了清末才广为流传的《明夷待访录》，但也仅仅提到其书“语多流弊”，并没有继续深入。而在龄昌的说帖中，就明确指出该书的“流弊”所在。

龄昌首先提出，三儒的学行都有补于“学术世道”，予以从祀本来应无愧色，但是从祀大典并不能仅仅以学问德性为依归，更要考虑时势的迁移，衡量先贤学说对世运的影响。如今“异说横流，歧学并起，中外人士每援卢骚、孟德斯鸠论著，不曰平权，则曰自由”，西人学说流传于政界，害莫大焉。《明夷待访录》中的《原君》《原臣》诸篇虽然“与六经大旨不甚背驰”，但是“无如人心好奇，动引兴朝钜子与法兰西乱世之儒相提并举……好名不得志之流且借三儒著述若《待访录》等类，视为奇货，起辨言乱政之阶”。这里所谓的“辨言乱政”，放在当时全国士民上书要求速开国会，国会请愿运动正如火如荼的语境中，显然是实有所指的。不过，龄昌仅以《明夷待访录》一书为由，就否定了顾、黄、王三人的请祀，显然有些以一概全。相比之下，王在宣的说帖就表现得更为全面而深入。

王在宣认为，三儒立身行己，艰苦卓绝，本无可议，但其学术则不无缺陷，揆之先儒，远胜子云（扬雄）而尚不及荀子，以孔孟程朱之学衡之，均不免不精不详之讥。于王夫之，称其说经之书“议论偏激，多驰骤纵横之辞，少优游和平之致，乃有言者之言，非有德者之言”，史论则“好翻案而不得其平，逞异论而不轨于正”；于顾炎武，称其“为学惩明季之弊，矫枉过正，有用无体，君子讥之”，而有耽于考据，忽略心性之学，“论风俗礼教则恺切详明，言性命一贯则含糊影响”。

王在宣于黄宗羲最为反对，称其“所著《明夷待访录》开首《原君》一篇，实与西儒卢骚《民约》、孟德斯鸠《法意》二书所论不谋而合，故讲新学者多称之，最易为革命党所借口”，并对《原君》一篇几乎逐句批驳，称如今新学盛行，黄宗羲为当世所推重者以此书，将来“正学昌明”，黄宗羲将为后世所诟病者亦以此书，如《原君》篇所谓“无君则人各得自私，各得自利”，如果照此行事，“吾恐平权自由之习成，革命流血之祸作，率兽食人，人将相食，岂不可为寒心也哉”！至于该书其他篇章，虽然谈论政治“洞明利害，言言痛切”，可是如果“推之事实，亦多窒碍难行，流弊甚大”。