胡思敬只反对顾炎武与黄宗羲，他称三儒“讲学之宗派不同，立言之旨趣又异”，但是仔细推求夏利，则“夫之大纯而小疵，炎武大疵而小纯，宗羲纯者无几，其疵者洸洋自喜，不恤其言之过高，遂酿成今日学术人心之大患”。对于顾炎武，他惜其“意见太偏，力主破坏纷更，拾永嘉之绪余，阴蹈王荆公、方正学之故辙”，《日知录》等书“食古未化，往往见小利忘大害”，可是，顾氏的思想却在其时正在进行的官制改革中大行其道：“炎武言之最谬者，如废铨法、弃律例、复藩镇、罢关防，虽至愚极陋，知其必不可行，而其言之似是而非者，欲设乡官，复两汉三老啬夫之职，废监司牧伯，专任守令，破一切用人资格，凡僚属皆由本官私自辟召，今日编制诸公执死方以医活病，欲尽如其言以行，国有狂泉，祸至无日。”

“今日编制诸公”，所指即是负责编订新官制的编纂大臣与编制馆诸委员。新官制的编订深受地方自治思想的影响，而顾炎武以其“寓封建于郡县之中”的主张一向被认作地方自治思想的中国源头之一。胡思敬对于预备立宪根本反对，认为宪政是“上下互相劫制之道”，其结果必然是“争竞之祸愈烈，荼毒之害愈深”，预备立宪之后，“盈廷聚讼，举国若狂”，以至于“内外交讧，国势垂危”，实在是“大乱天下之道”，他甚至要求“取消九年预备清单，停办新政”。他对改定官制反对犹力，曾专门上奏指陈官制改革的弊端，称这种改革“误信讆言，仿东西洋规制，不设吏曹，悉解散其权，倒柄而授之督抚”，将会导致天子失权，“号令不出于一城，不待四邻分割，已成支离破碎之区”的局面，而且“资格一破，人人有侥幸之思”，维新党派就可以趁机窃夺利禄，占取权位。总之，官制改革“破坏会典，销毁则例，一切以意为之，荡然无复限制”，不至于天下大乱而不止。

对于黄宗羲，胡思敬直斥为“杂霸之学”，《明夷待访录》“图穷而匕见，揉箠而骂主人，情非得已，意实无聊……故作此诙奇诡谲之辞，以开后代革命流血之祸”。针对《明夷待访录》要求加重相权的《置相》一篇，他说：“莽、操受千古唾骂，后世奸雄，窥伺神器，多慑于名分而止，而宗羲曰：‘天子去卿一阶，宰相而摄天子，不殊于大夫之摄卿’；惟名与器，不可以假人，胡惟庸、严嵩之祸，明人所切齿也，而宗羲曰：‘生杀予夺，当出自宰相。’”这种说法的背后，是预备立宪中关于应否设置内阁总理大臣的争议。在这场争论中，胡思敬主张保留军机处，因为“军机处不设定员，同堂议事，无论官职崇卑，不相统摄”，如果设立总理大臣，统一处理政务，那么无论是用亲藩还是满汉大臣，“皆可恣睢自擅，窃弄权柄，启奸人窥伺之渐”，日后必然酿成日本幕府将军之局。

这两份奏折都收入《清末筹备立宪档案史料》，一题《御史胡思敬奏立宪之弊折》，一题《吏部主事胡思敬陈言不可轻易改革官制呈》，在当时朝官的议论中相当显眼。

新官制的编定在光绪三十二年至三十三年，其中地方官制在三十三年五月二十七日正式公布，而各部呈递说帖议论三儒从祀是在三十三年的春季，正是在新官制争论最为激烈的时候。政治改革的争论投射到先儒从祀议案中也就是很自然的事情了。

除了新官制的争论，开国会也是预备立宪中引起广泛争论的重大关节。胡思敬对于国会同样深恶痛绝，他说：“立宪之法，以位予君，以权予内阁，君不负责任，责在总理大臣，又设国会以监督之，会党寻隙相攻，总理辄引身而退……君子而充议员，党孤力怯，将屏息而不敢出声，小人而充议员，上藉抵抗官长之力，即下可鱼肉乡愚。”胡思敬认为，朝廷对于日甚一日的国会请愿风潮处置不力，只是“设为淟涊之词以相笼络”，他要求“明降谕旨，宣明国会以下劫上，长奸堕威”，以后凡有渎请召开国会的，“付所司按治”。

既然如此，那么胡思敬对黄宗羲“公是非于学校”的主张持强烈的反对态度也就毫不为怪了。他引《明夷待访录·学校》篇“天子是所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自为是非，而公其是非于学校”的话，称“今日内外学堂，电奏络绎，淆乱国是，干涉政权，遂援此为口实”，又引《原法》篇“吾无天下之责，则吾视君为路人”的话，称“今日虚无党派，藐视君亲，平等自由，不受羁绊，遂据此为公理”。不仅如此，在梁启超主持《时务报》的时候，“世推为南雷再出”，显见黄宗羲才是“康梁乱党”的始作俑者，此时如果将其从祀，“海外党徒或疑廷臣提倡异学，跋扈飞扬，将益肆然无忌，此岂朝廷福哉！”

胡思敬对黄宗羲从祀的反对十分坚决，至称其“纯者无几，其疵者洸洋自喜，不恤其言之过高，遂酿成今日学术人心之大患”。这里所谓“学术人心之大患”显然是指预备立宪过程中出现的种种不合传统政治理念的“乱象”。因此他在顾、黄、王从祀争论中的立场绝不仅仅是学术之争，更重要的是受到时事刺激，源于其反对宪政的政治态度。

对于这种将政治异议归于三儒影响的说法，支持者自然不能无辨。大理院正卿张仁黼、少卿刘若曾的联名说帖称，反对者“以今日中外交通，学说庞杂，锻炼傅合，归狱前贤”，这与因康梁而罪及《公羊》者同一见解，都是故为苛论。掌江苏道监察御史贵秀、掌安徽道监察御史宗室瑞贤、掌安徽道监察御史叶在琦的联名说帖委婉地说，三儒的政治构想“皆具有次第施设之方，不同乎治丝而棼，操切而反害事者”。

章梫的说法最为透彻，他说，有人谓如今的种族之说发于王夫之的《黄书》，其流为“革命排满”，民权之说发于黄宗羲的《明夷待访录》，其流为平等自由，其实《黄书》只不过是惩明弊端，规画治世之大纲，并无所谓革命之语；《明夷待访录》则以《孟子》《周礼》为根据，以纠正末世骄君谄臣之失，更无所谓平权自由，凡是“革命排满”“平权自由”等语，皆“中国浅人略涉东西国一二家之学说，如染狂毒，如饮鸩酒，不自知其身之生死，并未尝窥见船山、梨洲之书”，如果能够略读船山、梨洲之书，“忠爱之心油然兴发，岂复有革命平权等事乎？”

综观这些说帖，支持者实际上腹背受敌：既要面对以前历次请祀被驳回时所遭到的批评，其中包括来自官方思想权威如《四库提要》的负面评价、三儒始终未与清廷合作的遗民立场、并不具备传统意义上的“理学家”身份等等，又要面对清末政治形势下产生的新问题，亦即三儒的不少论述与倾向（如王夫之的“排满”、顾炎武的郡县论、黄宗羲的《明夷待访录》等）已经成为革新派的理论来源，无论是主张君主立宪还是主张革命者，都以三儒为宣传旗帜。在这种形势下，支持者要把三儒送入作为官方意识形态核心符号的孔子庙廷，面临的阻力是十分强大的。可以说，光绪末年的这次顾、黄、王从祀争论，从一开始就脱离了学术思想的轨道，而成为政治交锋的跑马场。