从以上的引述不难看出，双方争论的焦点集中在《明夷待访录》与《黄书》两书，其中尤以《明夷待访录》聚讼最多。礼部侍郎郭曾炘上奏，指出礼部覆议之所以请将顾炎武从祀而王夫之、黄宗羲请旨的原因是“廷臣之议，于夫之等学行本末皆推服无异词，所疑者不过一二流传之书”。根据礼部的覆奏，这里所说的“一二流传之书”，指的就是黄宗羲的《明夷待访录》与王夫之的《黄书》。

在黄宗羲的著作中，《明夷待访录》的流传是很晚近的事情。在光绪十年至十三年（1884—1887）关于从祀黄宗羲、顾炎武的讨论中，无论正反双方都没有一字谈及此书，可见当时这本书还没有进入士人大众的视野之中。到了光绪末年，此书却成了朝臣争论的焦点，反对黄宗羲从祀孔庙一方的主要论据，即是《明夷待访录》（尤其是其中的《原君》《原臣》两篇）倡言民权，刺激革命。

支持者的策略，则是提出《明夷待访录》的立论本于《孟子》，并非非圣无法之论。由张之洞撰写，军机大臣世续、张之洞、袁世凯三人联署的说帖将《明夷待访录》的说法与《孟子》一一比较：

《孟子》七篇言君民消息之理最详，梨洲《待访录》“原君”“原臣”二篇实本《孟子》，今为比附之如左：

《孟子》曰：“民为贵，社稷次之，君为轻，是故得乎邱民为天子。”梨洲谓：“古者以天下为主，君为客，凡君之所毕世而经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客，凡天下之无地而得安宁者，为君也。”

《孟子》曰：“残贼之人，谓之一夫，闻诛一夫纣矣，未闻弑君也。”梨洲谓：“今也天下之人怨恶其名，视之如寇雠，名之为独夫，固其所也。”

《孟子》曰：“君之视臣如土芥，则臣视君如寇雠”，又曰：“贵戚之卿，君有大过则谏，反复之而不听则易位。”梨洲谓：“君有无形无声之嗜欲，吾从而视之听之，此宦官宫妾之心也”，又谓：“吾无天下之责，则吾在君为路人，出而仕于君也，不以天下为事，则君之仆妾也，以天下为事，则君之师友也。”

表面上看，这只是两部书籍中类似言论的简单比附，但是细究起来，这份说帖所传达的信息却要复杂得多。《明夷待访录》的表述之所以被追溯到作为儒家经典的《孟子》，乃是因为清末的政治改革与黄宗羲的某些主张有着共通之处，而关于黄宗羲应否从祀孔庙的争论，也就转变为清末立宪对君民关系的重塑在儒家思想的体系中是否具备合法性的问题。更为复杂的是，清末立宪运动并非由中国固有思想资源所引发，其直接触因乃在于西方政治思想与政治制度的传入。而这种外来思想导致的政治变革首先“激活”了与之最接近的《明夷待访录》等书，又进而重新解释了中国思想中的核心文本，古老的经典再一次成为新思潮的保护色。

曹元忠在为张之洞的这份说帖所加的按语中，屡次称“梨洲之言尚较孟子为婉”“孟子土芥寇雠之说……以梨洲较之，其辞为巽矣”。其实黄宗羲相比于孟子来说，决不仅是辞气较为激烈的问题，《明夷待访录》中所表达出来的新的君民、君臣关系，实际上是对孟子民本思想的具体化与推进，而清末所要建立的宪政框架下的君民、君臣关系，以权力而非道德为其根本，已经完全超出了儒家的范围，与黄宗羲的设想又不相同。但是，在张之洞这里，宪政与儒家政治理想不仅并无冲突，甚至是顺理成章的发展趋势，显示出二者在政治实践中对接的可能。

张之洞的非常之举既表现了他推动黄宗羲从祀孔庙的决心，更可借此窥见他对于清末立宪所试图创造的新型政治形态的理解，正是建立在儒家强调君臣共治、王权为民的思想脉络的基础之上。这条线索来源于中国文化的形成时期对于政治本质的理解，孟子、方孝孺、黄宗羲等人都可算作这一脉络中的人物。

与此相对应的，则是较为强调皇权权威、主张君主绝对权力的一系。这一系由于得到政治权力的支持而长期占据优势，例如延续已久的关于“汤武革命”的争论，就是这两种思潮交锋的表现。事实上，在关于黄宗羲从祀的争论中，“汤武革命”仍然是一个重要的观念符号，中西政治观念的交锋被直接转化为儒学内部古老的争论，这不能不说是近代思想史上戏剧性一幕。

随后，由曹元忠所拟的礼部覆奏称：“夫之所著《黄书》，其《原极》诸篇既托旨于《春秋》，宗羲所著《明夷待访录》，其《原君》《原臣》诸篇，复取义于《孟子》，狃于所见，似近偏激……恐学子昧于论世知人，将以夫之、宗羲为口实。”既提出对二人从祀的担心，但同时又声明他们的著作不过本于《孟子》与《春秋》这样的经典，覆奏的倾向性是很明显的。

不过，覆奏中的后退并不代表“主从派”的屈服。下一步，他们的策略是将争论延后，直接交由最高权力决定，以便张之洞等重臣可以从中取事。