同治二年（1863）四月，给事中王宪成奏请将明臣方孝孺从祀孔庙。

方孝孺（1357—1402），字希直，又字希古，因在明初靖难之役中惨烈被害而成为持续被讨论的历史人物。早在康熙六年（1667），已经有过一次将方孝孺从祀孔庙的尝试。《魏贞庵先生年谱》丁未年条载：

有科臣柯耸上疏，请以方孝孺从祀孔子庙廷，大学士班公极言孝孺之误国，欲公拟旨斥孝孺，公力以为不可，曰：“孝孺，夷齐一流人也。”竟不从。

魏贞庵即魏裔介（1616—1686），清初名臣，官至太子太保、保和殿大学士。“大学士班公”即班布尔善，出身宗室，时任内秘书院大学士，依附于鳌拜。方孝孺究竟是“夷齐”还是“误国”的争论，自从他死后就一直未曾停歇，这里不能展开，不过魏裔介和班布尔善一汉一满、一文士一皇族，他们对方孝孺的不同看法倒也符合各自的身份。

王宪成的奏疏引用了黄宗羲对方孝孺的评价：“致命遂志，得中庸之道，与激烈殉节者不同”，这句话并非黄宗羲原句，应是概括《明儒学案》中方孝孺小传的论旨。不过黄宗羲那段话主要是痛斥明成祖天性刻薄，王宪成就没有展开了。

更强劲的依据还得来自本朝皇帝。乾隆帝《御批通鉴辑览》对方孝孺颇有正面评价，还说“正未可以其谋事之不成而概加吹求”，王宪成就引在奏疏之内，至于乾隆四十一年（1776）为靖难殉节诸臣议谥时皇帝所说“方孝孺识见迂阔，未足以辅助少主”当然就不便引用了。

从祀章程确定以后，学问成了最重要的依据。王宪成描述了“朱熹—黄榦—何基—王柏—金履祥—许谦—宋濂—方孝孺”的理学谱系，这其中除宋濂外，其余均已进入孔庙，方孝孺也完全有资格从祀。

礼部覆奏大段引用了黄宗羲《明儒学案》的原文，还专门提出《明儒学案·师说》将方孝孺列为明朝诸儒之首，并认为应予从祀孔庙，足见方孝孺的学术经纶久有定论。最终，方孝孺得以入祀——但是具体次序要等等再说，因为王宪成在奏疏后面附片另奏，请求厘定孔庙祀位次序。

王宪成说，现在各地孔庙两庑的先贤先儒牌位顺序很多都是乱的，在有些地方，神牌都不齐，较晚从祀者的神牌还没做，要请礼部把从祀的顺序画成图，颁发到各地，该调整的调整，该补齐的补齐。

孔庙两庑神牌的顺序，历史上有过数次调整，琐碎无关宏旨，不赘引。此次定议，以出生年岁为序，东西两庑交替排列。如果后续再有增入，就只就东庑或西庑之内按序插入，不再调整全部次序。

礼部虽然同意方孝孺的从祀，却也担心方孝孺“忠臣烈士”的身份打破了从祀章程，引发后来者效仿。在给皇帝的奏疏中，礼部在历数本朝从祀先儒数量之后，特意作了一项声明：

凡传经传道，与夫经纶卓越之儒，已为大备。

这不啻是说，孔庙两庑的名额差不多已经用完了，以后大家尽量不要再打这个主意。

怎么避免从祀泛滥呢？礼部规定了请祀要提交的材料细节，除了其人生平、著述、事迹之外，还要查清“钦定书籍中引用若干条、论赞若干条，先儒书籍中引用若干条、论赞若干条”，一并造册报部。在孔庙的语境中，“先儒”特指从祀孔庙的儒家学者。用今天的术语来说，礼部要求提请从祀时要提供该人选的影响因子，具体来说包括两部分，一是领导人的评价（当然得是正面评价），二是同行引用（当然最好是已经拥有所申请头衔的同行）。

这个规定也固定下来，以后的请祀确实照此办理了。同治四年（1865），江西巡抚刘坤一奏请将宋臣杨万里从祀孔庙，礼部就以材料不全为由将其驳回。待江西将杨万里的著作等咨送到部以后，礼部的意见还是“其于讲明圣学、传授道统似尚嫌不足”，予以驳回。不过，地方呈请从祀的活动又开始活跃起来。