中国式政治文化的本能，是一切归结到“人”。躬逢盛世，那是天子圣明、臣工用命；世乱如麻，那是士风日下、人心不古。所以应对一切社会问题的首要手段，一定是振作人才。而君子德风、小人德草，振作人才的首要手段，一定是树立典型。祭祀，则是树立典型的典型手段。
对于儒者来说，从祀孔庙固然可贵，但能够进入孔庙的毕竟是少数，在社会的各个层次还存在着复杂的祠祀系统，足以容纳大量值得纪念的先人，满足各类祭祀活动的需求。
除了中央一层的祭祀之外，清代各地官方还建有昭忠祠、贤良祠、名宦祠、乡贤祠、功臣专祠等，用以崇祀各类有功于一方的逝者。其中乡贤祠与名宦祠一般分列祭祀孔子的正殿两侧，专祀以德业、学行著名的地方名贤。除了这些官方主导的祭祀以外，士人也会发起各种形式的私祀、公祭等，用来表式学术的宗主、尊崇思慕的先贤。
相比于其他类型的祭祀，士人对先儒的祭祀有其特殊性：
第一，祭祀对象的选择根源于师承关系的追溯，无论这种师承是传续的、私淑的或者更抽象的道统序列，亦即所谓“将习其道，故释奠各以其师”。因此，祭祀对象的选择，特别是对古代先儒的“再发现”，就能够体现一时的学术风尚与思想氛围。
第二，祭祀活动的举行，往往表示出参与者，尤其是主事者对宣扬先儒思想学说或个人品质的强烈愿望，对先儒的祭祀不仅仅是为了“崇德报功”，其中更有“借古喻今”的含义在。
第三，由于士大夫阶层的内在流动，士人的祭祀往往有大量政府官员的参与或主持，背后有着深厚的政治与社会背景，而且士人通过祭祀活动也会形成各式各样的交游圈子，间接地影响到学风士习的变化。
这些由私祀、公祭与乡贤祠构成的祭祀先儒的体系，隐然形成了通往孔庙两庑的阶梯：既为人们提供了对那些虽有建树却不足以从祀孔庙、或者尚未得到足够承认的先儒“报恩德、志思慕”的场所，又通过祭祀举行的频率、影响的范围对历代先儒进行“筛选”，使先儒的声望随着时代而升降，间接地为孔庙祀典提供着候选名单。最能体现这个阶梯的，就是顾、黄、王三人，他们能够入祀孔庙，都与他们曾受到各种形式的祭祀有关。
三人之中，得祀最早的是黄宗羲。他身处王阳明、刘宗周的学脉之中，门人万斯同、其子黄百家等人均能绍述其学、广为揄扬，家学、门人、学友都很热闹。康熙三十四年（1695）黄宗羲去世，三十八年（1699）即入祀府学。康熙六十一年（1722），郑性在慈溪半浦建二老阁，并祀黄宗羲与其祖父郑溱，春秋致祭，算是士人之间的一种私祭。
据光绪二十五年（1899）所修《余姚县志》，黄宗羲位列余姚乡贤祠所祀一百八十人之中，但并未言明何时入祀。黄炳垕《黄梨洲先生年谱》编定于同治五年（1866），初刊于同治十一年（1872），于黄宗羲祀事记载很详细，但没有入祀乡贤祠的记载，所以大致可以推定，黄宗羲应当是在光绪十年至十二年（1884—1886）陈宝琛请将顾炎武、黄宗羲从祀孔庙被驳回以后，因为上谕有“仍准其入祀乡贤，以重明禋而昭矜式”之语而得以入祀乡贤祠的。
作为被追认的“清学开山”（梁启超：《清代学术概论》）、“国朝学有根柢”之最（《国史儒林传》），顾炎武的贡献是多方面的。不过，他生前不“讲学”，也不广收弟子，因此虽然享有极高的学术声誉，但对他个人的崇祀活动却来得较晚。
道光二十一年（1841），江苏巡抚会同江苏学政疏称：“昆山县先儒顾炎武，砥砺廉隅，匡扶名教，题请入祀乡贤祠”，奉旨下部议奏。礼部于当年十二月十七日覆奏：“已故江苏昆山县先儒顾炎武，植躬清峻，砥行端方，讲求经世之学……臣等谨拟准其入祀乡贤祠。”（张穆：《顾亭林先生年谱》）隔日奉旨允准。
礼部的覆奏列举了亭林的几乎全部著作，唯独没有诗文集，清代前期的文化政策在此时余威尚在，顾炎武的遗民身份和反清立场仍是不可触及的忌讳话题——《亭林诗文集》在乾隆禁书时名列“抽毁”之列。尽管如此，入祀乡贤祠表明，顾炎武的贡献开始得到官方承认。
这一年，鸦片战争正在沿海一线开打。也就是在这段时间，突然出现了一股为顾炎武编纂年谱的热潮，吴映奎（生卒年不详）、车持谦（1778—1842）、徐松（1781—1848）等背景不同的学者分别独立编纂了亭林年谱，最后在张穆（1805—1849）的手中形成被梁启超称作“年谱之典范”的《顾亭林先生年谱》，这是在1843年。
借着年谱编成的由头，张穆与何绍基（1799—1873）等一批友人集资在北京宣南慈仁寺建立了顾炎武专祠，自道光二十三年（1843）开始，每年三次定期举行公祭顾炎武的集会。这项公祭一直延续了七十年之久，中间仅有数年中断，前后参与祭祀的人数多达五百余人，是清代后期持续时间最长、参与人数最多的文人祭祀活动，极大推动了顾炎武声望的抬升。在晚清，顾炎武不但成为清代地理学、训诂学乃至经学的宗师，而且也成为一代学人的人格榜样。
相对于顾炎武和黄宗羲，王夫之不但生前远为寂寞，身后名的凸显也要等到相当长的时间以后。王夫之的著作虽有多种收入《四库全书》，但是由于绝大部分未经刊刻，在一般士人中的影响极小。嘉庆初年，清廷创修《国史儒林传》，其后人将王夫之的著作多种呈递国史馆，但也仅得立传，其书仍然尘封。道光二十年（1840），邓显鹤在湘潭首次校刻《船山遗书》，共收书十八种一百五十卷，但是印数不多，后来版又遭毁，直到1865年曾国藩、曾国荃兄弟再次刊刻《船山遗书》，共收书五十六种二百八十卷，王夫之的著作才广为人知。
早在邓显鹤主持刊刻《船山遗书》时，就有在衡阳王夫之故居建立专祠祭祀的计划，但是没有实行。同治年间，郭嵩焘主讲长沙城南书院时，在张栻祠旁的隙地建立王船山先生祠，这是祠祀王夫之的开始。后来，郭氏又在长沙妙高峰筹建船山祠，并亲自主持安立神位等事。
长沙船山祠
光绪初年郭嵩焘请祀王夫之从祀孔庙失败以后，船山祠的祭祀、集会活动有增无减。光绪七年（1881），他更创办思贤讲舍，专祭王夫之，春秋两次会讲，以为定例。光绪八年（1882），湖南提学使朱逌然在衡阳王夫之旧居创立船山书院，祭祀船山神位；光绪十一年（1885），彭玉麟又奏请改建船山书院，将书院旧址改为船山祠庙，王夫之的死后馨香之报越来越隆重。
船山祠的繁荣在王夫之从祀孔庙历程中起到了很大的作用。在支持者的议论中，船山祠的存在被当作湘省士人尊奉王夫之的最显著象征，其中暗含的逻辑是，在士人的公祭与朝廷的祀典之间，存在着可以按次而升的序列：既然王夫之在本地受到如此频繁的祭祀，那么接下来就应该在中央的孔庙拥有一席之地。
在朝廷而言，对应孔庙的地方类似机构是名宦祠和乡贤祠。两者创设的初衷都是为了祭祀影响力仅限于地方的士大夫，对于那些已经奏请从祀孔庙、但被认为尚不足跻身两庑的，一般的处理都是准予入祀乡贤祠，以资表彰。可是在顾、黄、王的例子中我们将看到，入祀乡贤祠尽管是证明先儒地位的一个重要指征，但真正被看作能够体现士人“公论”的，是在如船山祠和顾炎武祠这样的私祠中进行的公祭。在士人公祭与朝廷祀典之间，乡贤祠这一具有强烈官方色彩的祭祀品类反而显得无足轻重。
