虽然三儒从祀与预备立宪关系如此密切，可是从祀一二先儒毕竟挽救不了政局。且不论此时孔庙在一般士人特别是趋新士人心目中的地位已非往日可比，当日政治的纷乱也早已使孔庙的日常管理陷入半瘫痪的状态，三儒木主是否入祀，史无明文。据赵启霖《重修湘潭学宫记》的叙述，其故乡湖南湘潭的孔庙是重修以后、在他本人的注目下才将三儒祔祀，其时已经是1911年5月。

甚至到了1914年，仍有“云南公民徐铮”等呈请将三儒从祀孔庙。他们显然并不知道清廷已经将三儒从祀孔庙，还说“前清末叶，曾有人请以三先生从祀孔庙，缘当时政尚颛制，扞格不行”，如今已经实行共和，“三先生之学说日愈彪炳人间”，所以请从祀孔庙，并在其乡建立专祠。

他们提出的理由是：“明季大儒顾炎武、黄宗羲、王夫之三先生者，或则著经世之伟业，或则发共和之先声，功在千秋，泽及百世，吾人崇德报功，尤当裒然居首”，称顾炎武“讲学以行己有耻标宗，治世以匹夫有责为本，又究心于经世之学”，称王夫之“痛明社之屋，采西山之薇……所著诸书，半皆夷狄华夏之辨”，特别于黄宗羲称扬备至：

所著《明夷待访录》等书，阐明民贵君轻之旨，预揭共和民约之义，微言宏识，远在西哲卢梭以前，吾人今日所享之共和幸福，实皆食先生之赐。

这篇《明末三大儒从祀孔庙之建议》载于《学生杂志》1914年第1卷第5号。此时的顾、黄、王，又一变而成为了共和的护法。这次请祀也就成了三儒从祀风波最后的回音。

还有一个小问题尚需交待。三先生的排列顺序，在赵启霖的原奏中是王夫之、黄宗羲、顾炎武，上谕中变为顾炎武、王夫之、黄宗羲，在两庑的位次则是黄宗羲（东三十四位）、王夫之（东三十六位）位列东庑，顾炎武位列西庑（西三十六位）。

原奏之所以以王夫之为首，很可能是因为赵启霖身为湖南人，并且服膺船山之学，而上谕以顾炎武居首、黄宗羲居末，则肯定是由于关于顾炎武的争论最少而关于黄宗羲的争论最多。至于木主的顺序，据乾隆十八年（1753）的定例，应以时代年齿为序，三人的生年以黄宗羲（1610年）最早、顾炎武（1613年）次之、王夫之（1619年）居末，两庑木主的安排正是以此为序。

其实在朝臣的议论中，也有人提到三人的排序问题。礼部侍郎张亨嘉拟奏建议“其位次当首顾炎武，黄宗羲次之，王夫之又次之”，但是没有说明这样排序的理由。都察院都御史陆宝忠、副都御史伊克坦、副都御史陈名侃三人联名的说帖称：“查《国史儒林传》，谓国朝学有根柢，以炎武为最，故以炎武居首，则此次升祔次第，亦宜以炎武为首，列宗羲次之，夫之又次之，较为允当耳。”顾、黄、王是《国史儒林传》的排列顺序，后世习惯以这种方式排序，或许也是出自这一“钦定书籍”的安排。