礼部覆奏的时机颇堪玩味。此时，覆奏距离赵启霖上奏请祀三儒已经过去了一年半而有余，各部院衙门的说帖也早在前一年的春季就已经送到礼部。虽然后来礼部的奏稿经过了几次改写，但是拖的时间也不应如此之长。
十分引人注目的是，就在礼部覆奏的整整一个月之前，清廷刚刚颁布了《钦定宪法大纲》，无论朝野对这部“准宪法”都有各种各样的声音。比如章太炎就写了一篇《代议然否论附虏宪废疾六条》，直斥其“不为佐百姓，亦不为保㐅国家，惟拥护皇室尊严是急”，并举其“废疾”六条，称“虏廷之疾已死不治，而欲以宪法疗之，宪法之疾又死不治”。三儒从祀的正反双方选择在这个时候展开最后交锋，显然与这种政治背景有着直接的关系。
反对者中，影响力最大的是孙家鼐。他的奏疏仍引《明夷待访录》反对“君臣之义无所逃于天地之间”的话，指黄宗羲“总以汤武革命为分所当然”，可是“孔子一部《论语》，数称尧、舜、泰伯、文王，而汤武之事不多见”，而且还说过“三分天下有其二以服事殷，周之德其可谓至德也已矣”的话，可见孔子对汤武革命本有微词。孙家鼐更进一步说，“黄宗羲既以汤武革命为臣民应尽之义务，其流弊不可胜言”，一定会“启奸雄窥窃之心，长俗儒浮嚣之习”。“以汤武革命为臣民应尽之义务”一语显得十分生硬，说“革命为臣民之权利”大概更符合孙氏的原意，但是“臣民应尽之义务”的说法显然是从《钦定宪法大纲》对臣民权利义务的明文规定而来。
孙家鼐对立宪并未昌言反对，但是认为在国势衰败之时，不宜更张。他在廷臣讨论是否应当立宪的会议上说：“此等大变动，在国力强盛之时行之，尚不免有骚动之忧，今国势衰弱，以予视之，变之太大太骤，实恐有骚然不靖之象”，建议先“格其丛弊太甚诸事，俟政体清明，以渐变更，似亦未迟”。但是，他又被派充为资政院总裁之一，而资政院在清廷的构想中是以后召开议会的基础，对于当时社会上要求速开国会的请愿，他的体会一定很深：仅以光绪三十四年七月为例，一个月内就有各省士民、请愿代表及预备立宪公会等组织共七批通过都察院呈递了要求速开国会的请愿书。
在这份奏疏的后面，孙家鼐还附片解释了他对于三儒从祀的态度转变：“光绪初年，曾有请以黄宗羲、王夫之从祀者，彼时礼部议驳，原任工部尚书潘祖荫等议准，臣曾随同画诺，至今思之，犹深愧怍，深服当时礼臣议驳具有深意。”孙家鼐这里所说的并非全是实情：他曾“随同画诺”的并不是“黄宗羲、王夫之从祀”，而是黄宗羲、顾炎武从祀，之前黄宗羲与王夫之并没有同时被提请从祀过。孙家鼐这样说的原因，是此时他只反对黄宗羲、王夫之从祀，并不反对顾炎武。
从支持者的奏疏中可以看出，他们已视孙家鼐为最大的论敌。徐定超的奏疏特别提出，孙家鼐在光绪十年曾经赞同过顾、黄从祀，“何以前后之言如出两人”？又说“孙家鼐所谓恐有流弊者诚不免于过虑”，可见主从者阵营一定经过充分的准备，并且是有组织的反击。
与此前争论双方的论述不同，这次最后的对决已经不再以“道统”“传经”等从祀孔庙的传统标准为言，甚至也较少涉及学术问题的评价，双方争论的焦点完全集中到三儒学说与政治变革的关系上去，尤其是《明夷待访录》在宪政中的位置问题。学部侍郎严修等为黄宗羲、顾炎武辩护的奏折中说：“近时新政多所更张，以二儒之遗书证之，如尚兵学、崇教育、罢科举、通军民、重宰相、用辟召、破资格、设乡官、复两汉三老啬夫之职，所谓甄采各国之良规者，二人实先言之。”
严修属于积极推行宪政的一派。同样是“复乡官”，同样是“重宰相”，他认为是黄、王应予从祀的根据，胡思敬则以为是二人的缺陷所在。双方在从祀问题上的立场根源与其对于新政的不同态度昭然若揭。
不过，严修等的奏折主要是为黄宗羲、王夫之二人辩护，他们所列举的“国家推行之新政”，未必全是“故儒已发之微言”，至少如王夫之就从未说过要“罢科举”，而“设乡官、复两汉三老啬夫之职”也主要是顾炎武的主张。这里综合了顾、黄、王三人的学说，将三人当成一个整体来说。这种一概而论的笼统说法，反映出三儒之间的区别逐渐模糊，他们各自的具体学说如何已经并不重要，三人被当作“一体”来看待，共同构成了新兴政治理念的历史符号。
三儒的这种形象并不是由朝廷建立起来的，而是在清末政治变革的过程中，趋新士人结合传入的西方政治思想，对三儒著作进行重新阐发而逐渐形成的。以上朝臣的议论表明，即使是“体制内”的人士，也在与政治对手分享着同样的思想资源和符号体系。因此，在朝臣中也会出现这样的议论：“（顾炎武）先生上下古今，具绝大学问、绝大经济，实开光绪以来变法之原，而尤合立宪之精意”，例如顾炎武曾说：“圣人者用天下之私以成一人之公，而天下治”，又说：“世之君子，必曰有公而无私，此后代之美言，非先王之至训”，这就是所谓的“欲求公德，必先养成私德者”；顾炎武又说：“‘天下有道，则庶人不议’，然则政教风俗，苟非尽善，即许庶人之议，故盘庚之诰曰：‘无或敢伏小人之攸箴’，而国有大疑，卜诸庶民之从逆”，还说过“保国者，其君其臣肉食者谋之，保天下者，匹夫之贱与有责焉”，这就是所谓的“人民得与参政权”。
这是胡玉缙《题顾先生祠卷子》中的话。顾炎武的“学问”“经济”被用公与私、专制与宪政这些新的时代概念重新解释，于是顾氏本人也就成了合乎“立宪之精意”的“立宪派”。
同样，礼部侍郎郭曾炘将《明夷待访录》的思想与矫正专制的精神联系起来，指出两者其实若合符契：“黄宗羲所著《明夷待访录》‘原君’‘原臣’二篇，大旨谓为君者不当视天下为产业，而以大利自私；为臣者不当跻身于仆妾，而以服役为务。其言近激而其理实至精。盖民为邦本，立君所以为民，臣亦佐君治民者……秦汉以降，惟务专制，君骄臣谄，民怨罔伸，是以治日少而乱日多。”矫正秦代以后专制之失本是预备立宪的题中应有之义，同时，汉族大僚如张之洞、袁世凯等热心于立宪，也确实有扩张臣下、地方权力以限制君权的内在动机。
必须要注意的是，即使是积极推动立宪的官僚派别，也不可能赞同革命，所以支持者在指出三人思想合于立宪精神的同时，也特别强调他们与西方学说的差异，如严修所奏：“近年有一种革命之袤说，乃略涉东西文者所剿袭，实未一见宗羲之书。”章梫《先儒王夫之黄宗羲顾炎武从祀孔庙议》亦称：
抑又有议者，谓近今种族之说发于夫之之《黄书》，其流为革命排满，民权之说发于宗羲之《明夷待访录》，其流为平等自由。不知《黄书》乃惩明弊，规画治世之大纲，并无所谓革命之语；《待访录》依据《孟子》《周礼》，亦惩末世骄君谄臣之失，而反之于正，更无所谓平权自由。凡革命排满、平权自由等语，皆中国浅人略涉东西国一二家之学说，如染狂毒，如饮鸩酒，不自知其身之生死，并未尝窥见船山、梨洲之书，苟略读船山、梨洲之书，忠爱之心油然兴发，岂复有革命平权等事乎？则谓此等不足重轻之浮议，启于船山、梨洲二大儒，可不辨而知其非矣。
“革命排满”“平权自由”这些危险的政治思想，其来源都是“东西国”，而黄、王二儒的思想则从《孟子》《周礼》这些本国经典中产生，仍不出圣人之道的范围。不仅如此，顾、黄、王三儒志节皎然，于明亡之后念念不忘故国，忠君之心至死不渝，这样的人怎么能引起革命之说呢？
在支持者的论述中，三儒的学说既有助于当代之新政，又无悖于礼教之本原，即胡玉缙所谓“博通时务，而实契合道心”，对于期待既能完成政治变革、又不至引起社会动乱与文化沦丧的执政者来说，正是最合适的人选。所以，他们希望能够将三儒从祀孔庙，树之风声，以表明立宪之决心，同时也预防革命的流弊。郭曾炘说得很明白：
迩者纶音迭下，宪政纲要次第颁行，君上有统揽之治权，臣民亦有各尽之义务，务扫历代相沿之弊政，建万世一系之洪基，该故儒所谓三代可复者将验于今日……似不宜拘牵俗论，以议礼聚讼之故，而有出令反汗之疑，于宪政前途致多阻碍。
这段话再真切不过地表明，三儒能否得以从祀，与朝廷是否真心推行宪政大有关系。其时对于宪政、宪法，朝堂之上的反对之声既不绝于耳，江湖之中的抨击之词又甚嚣尘上。这时如果将学问、经济与宪政各端若合符契的顾、黄、王三儒从祀孔庙，送上神坛，一定可以“涣释群疑”，表明朝廷立宪之决心，这也是三儒最终得以从祀孔庙的直接动因。
准许从祀的谕旨下达以后，却令人多少感到有些意外。因为这道谕旨不但简洁得无以复加，而且并未明发，只是以“交片”下礼部，可谓草率已极。时任军机章京的许宝蘅在日记中说：“旧日此种从祀视为至重典礼，均系明降谕旨，今乃仅以交片下礼部，殊非故事。”
以往的此类上谕，都要先简述一下先儒的成就，列举从祀的理由，这次之所以全都避而不谈，很可能是因为争论太大，朝廷不便表态的缘故。但于三儒的学术品行完全不置一词，确实不合乎此类谕旨的体例，无怪乎受到胡思敬的讥刺：“以如此巨典，只以二语了之，天下读诏书者不知其所以从祀之故，颇疑三先生之配食，颇似近世人才保荐得官也。”
但三儒从祀与立宪有关，当时即有论者观察及此。《东方杂志》在报道此事之后评论说：“观王、黄之必待请旨，知部臣于《原君》等篇不无惴惴，枢府竟赞成之，立宪前途，影响在是。”执笔写下这段评论的，正是日后奠基中国明清史研究的孟森先生。
