赵启霖上奏之后，朝廷照例诏由礼部议奏。礼部奏请按照新政中出台的《会议政务章程》，由各部衙门开送说帖，将三儒应准应驳之处详细说明。这跟之前先有礼部提议、再由内阁会议、最后大学士六部九卿联合上奏的程序有了重大区别。
《会议政务章程》颁行于光绪三十年十二月十五日（1905年1月20日）。日俄战争之后，立宪呼声日甚一日，户部侍郎戴鸿慈建议，如遇内政外交重大事项，可由政务处召集大学士、六部九卿、翰林科道定期会议。在当时人看来，这项制度颇有议院会议之精神，虽然还谈不上立宪、开议院，至少可以算是一种准备。用今天的话说，算是议院的“平替”。经过一番折冲，清廷颁布了《会议政务章程》七条：
一、奉旨会议事件，实任四五品京堂科道皆与议。
二、内政外交，建革之大，疑难之端，由各该衙门审度重轻，临时请旨会议，或特旨举行。其事关秘密紧急者，廷臣仍免干预。
三、会议应速覆奏之件，限十日。一时难决者，酌展限。
四、与议臣工，具说帖交政务处，汇择具奏。
五、事关何省者，由政务处知照该省较崇京官，传同乡具说帖转送酌核。
六、初议未定，再定后期。其莫衷一是者，由政务处酌核奏请办理。
七、翰林院讲读以下及各部司员说帖，由掌院堂官择可行者送核。
与戴鸿慈的建议相比，正式版本的《会议政务章程》有两点区别值得注意：第一，戴鸿慈建议内政外交重大事项均需会议，《章程》则仅限于“奉旨会议事件”，要不要会议，须请旨决定；第二，戴鸿慈希望的会议是大臣齐聚政务处，当面讨论，《章程》则规定参与会议的大臣出具书面意见即可。两相对比，大打了一个折扣。
一个多月后，朝廷迎来第一件会议事务：礼部问，第二年的顺天乡试及后年的会试，究竟要仍然借用河南贡院呢，还是斥资修复京师贡院呢？上谕交廷臣会议，最终统计收上来的意见，主修京师贡院者共七十二件，主修京师贡院、仍暂借河南贡院者共十九件，主借河南贡院、不修京师贡院者共二十九件。结果，政务处建议了一个折衷方案：一边借，一边修。但会议的结果只供参考而已。
从祀事项与科考事务的共同点在于，它们都包含士大夫阶层之“私”的一面，将这类事务交去会议，大家尽可争吵，真正事关国计的大政，反而未必有这样的机会。所以礼部关于会议顾、黄、王从祀孔庙的建议一提出，上谕立刻允准。
会议的结果是，各部堂官司员等开送的说帖一共二十六件，其中主张应将三儒一并从祀者二十一件，未置可否者一件，主驳者四件。
认为可以将三儒从祀的二十一份说帖的署名分别是：
（1）吏部（吏部尚书陆润庠执笔）；
（2）民政部尚书肃亲王善耆、左侍郎毓朗、右侍郎赵秉钧（民政部右参议吴廷燮起草，署右参议汪荣宝参定）；
（3）法部尚书戴鸿慈；
（4）法部左侍郎绍昌、右侍郎张仁黼；
（5）农工商部（农工商部丞参上行走道员袁思亮执笔）；
（6）总管内务府大臣奎俊、继禄、增崇、庄山，上驷院卿英瑞，武备院卿文煦，奉宸院卿书正；
（7）都察院都御史陆宝忠、副都御史伊克坦、副都御史陈名侃；
（8）大理院正卿张仁黼、少卿刘若曾；
（9）内阁中书王崧策；
（10）内阁中书马士杰；
（11）翰林院庶吉士章梫；
（12）掌河南道监察御史惠铭；
（13）京畿道监察御史崇兴、掌京畿道监察御史成昌、掌京畿道监察御史吴钫、京畿道监察御史沈潜；
（14）掌浙江道监察御史俨忠、王步瀛，掌云南道监察御史宗室荣凯、蔡曾源；
（15）掌江苏道监察御史贵秀、掌安徽道监察御史宗室瑞贤、掌安徽道监察御史叶在琦；
（16）度支部福建司郎中闵荷生；
（17）陆军部主事吴以成；
（18）陆军部主事裘冕群；
（19）法部主事王之范；
（20）学部（学部左丞乔树枏执笔）；
（21）奏调邮传部翰林院庶吉士章梫。
未置可否的一份说帖署名：
顺天府。
主驳的四份说帖的署名分别是：
（1）理藩部尚书宗室寿耆、左侍郎堃岫、右侍郎恩顺；
（2）内阁中书王在宣；
（3）礼部郎中龄昌；
（4）法部主事梁广照。
自然，这个结果也不具约束力。
礼部先由左侍郎张亨嘉（1847—1911）起草覆奏稿，主张将三儒一并从祀，并请大学士张之洞为之修改润色。不料随后张亨嘉丁母忧去官，这个稿子就被搁置了下来。不过，张亨嘉即使在守制期间，仍然十分关注从祀事件的进展。《石遗先生年谱》记载：“（三儒从祀）吾乡张燮钧侍郎主之甚力，而适丁内艰，不得与闻其事矣。广雅往吊，张侍郎稽颡谢吊后，重稽颡曰：‘从祀事，惟赖世叔主持。’”此后张之洞力主三儒从祀，固然与他的一贯主张相符，可能也与张亨嘉的托付有关。
张亨嘉去后，礼部另由仪制司郎中吴国镛（光绪十二年进士）拟稿。吴国镛的拟奏请祀顾炎武、王夫之，而以《明夷待访录》中《原君》《原臣》二篇不合君臣大义，主张不应入祀黄宗羲。这篇拟奏十分冗长，竟达八千余字，礼部右侍郎郭曾炘为之删节大半，语气也改得较为和缓，并将驳斥黄宗羲从祀改为请旨定夺。当这个稿子送到内阁会议时，却发生了戏剧性的变化。《三儒从祀录》曹元忠按语：
及送内阁，于大学士、各部尚书、都察院会稿日，吏部尚书陆润庠、邮传部尚书陈璧、都察院副都御史陈名侃已画诺矣，而大学士世续、张之洞、外务部尚书袁世凯后至，出说帖，略谓宗羲《明夷待访录》亦本《孟子》“君之视臣如草芥，则臣视君如寇雠”等语，不当黜其从祀而罢。
胡思敬《国闻备乘》“三先生崇祀”条对这次会稿的过程也有记载，细节略有出入，大体情节不差，可以证实曹元忠的记述：
（礼部）拟稿准顾、王驳黄，通行六部九卿大臣诣内阁会衔。邮传部尚书陈璧先画诺，吏部尚书陆润庠、都察院左副都御史陈名侃继之，画未竟而张之洞遣使持说帖至，大意言黄学与孟子相合，议驳非是。举座愕然，各逡巡遁去。次日邮传部咨行礼部，取消陈璧花押，润庠、名侃亦各行文取消。
吏部尚书陆润庠、都察院左副都御史陈名侃均有说帖赞成三儒从祀，而此次又随同画诺，这本是履行当日的正常程序，不能将他们认定为所谓“主驳派”的成员。相反，张之洞等的强行干预却是非常之举，所以才导致“举座愕然”。
由于三位重臣的反对，这份奏稿被否决，发回礼部重拟。可是，大学士孙家鼐却极力反对黄宗羲和王夫之从祀，而按照定例，覆奏又须大学士领衔，礼部夹在中间，难于措辞。这时的礼部尚书是溥良，他将这件棘手的差事交给了曹元忠，一来是因为溥良乃曹氏的座师，二来曹氏素以精研礼学著称，又是礼学馆的编纂，当能胜任。
关于曹元忠草奏的过程，雷瑨（1871—1941）后来写了一篇《顾亭林黄梨洲王船山三先生从祀记》，以“涵秋”的笔名发表在他主编的上海《文艺杂志》1915年第8期上，其中有生动的记述：
曹君以寿州（孙家鼐）既不以三先生从祀为然，其陈奏必有理由，非先破其说，恐终不得其要领。乃特于晋谒时潜探其意旨。寿州谓，咸同时之奏案，予亦预其列，彼时颇主张从祀之说。但现今默察时变，民权日渐扩张，若再尊崇顾、黄、王之学说，流弊所及，深恐长少年嚣张之气，于国家前途必多危险。因是改变宗旨，且甚悔从前见解之谬误。至折中措辞，则以曾国藩曾刻黄梨洲著述中多方圈，足证其必有诋毁本朝之语，故宜罢其从祀云云。
曹元忠既探得孙家鼐反对从祀的理由，于是在覆奏中针锋相对，指出“后世避讳之法断不能绳之二百年前之遗老，况曾奉雍正朱谕，凡刻书避去戎虏夷狄等字为大不敬”等等，先占据优势地位。
雷瑨与曹元忠同肄业于南菁书院，清亡后来往又十分密切，曹元忠的《笺经室所见宋元书题跋》即连载于雷瑨所办的《文艺杂志》，此文所言容有渲染，但肯定不会全无根据。曹元忠自己的记述也透露出，他在草奏之先已经知道了孙家鼐的意旨：“大学士孙家鼐又以孟子告齐宣王语（即“君之视臣如草芥，则臣视君如寇雠”）可施于诸侯，不可以例天子，宗羲固不当从祀，即王夫之所著各书，每以墨框空缺多至数十百处，迹近诽谤本朝，亦不得在从祀之列，自草奏疏，欲纠礼臣议礼失当恫喝之”，同时农工商部左侍郎沈云霈亦作说帖，“驳孟子草芥寇雠之言比义未当”，于是“三儒从祀由是遂不能并请允准矣”。
不得已，曹元忠拟定的礼部覆奏在详细开列了三人的事迹及学问出处，拟议将顾炎武从祀，而对黄宗羲、王夫之未置可否，请旨裁示。这个奏稿在礼部顺利通过，但在送交内阁会稿之前，又起了波折：“会稿之先，大学士孙家鼐已闻王夫之、黄宗羲应否从祀请旨之说，乃亦作说帖，封送礼部，欲礼部之易稿也”。孙家鼐对黄宗羲、王夫之应否从祀请旨裁定的意见也不满意，要求直接驳回，但此时礼部再难更改，尚书溥良只好对孙家鼐“语以稿经博采众议而成，如中堂别有所见，盍另折言之”，建议他单独上疏，陈明己见。
孙家鼐于是将说帖改为奏折，称“三人之中惟顾炎武之学问较为精粹，若专准顾炎武从祀，似可举行”，黄宗羲、王夫之则不能从祀。在这份奏折之后，孙家鼐还专门附片，对当年他曾赞同顾炎武、黄宗羲从祀表示忏悔，“彼时礼部议驳，原任工部尚书潘祖荫等议准，臣曾随同画诺，至今思之，犹深愧怍，深服当时礼臣议驳具有深意，今既有所见，尤不敢回护前误”云云。
礼部的覆奏于光绪三十四年（1908）九月一日上奏，孙家鼐反对黄、王从祀的奏折亦于同日上奏。主从派也在同一天群起上疏：礼部侍郎右郭曾炘疏请将三人从祀，并在折后专门附片，说明黄宗羲《明夷待访录》的《原君》《原臣》二篇有益于“宪政前途”，不应成为阻碍其从祀的口实；协理京畿道监察御史徐定超疏称：“孙家鼐前与潘祖荫遵议黄宗羲、顾炎武应准从祀，又与翁同龢等遵议黄宗羲、顾炎武应否从祀、公同具折、恭候宸断，前案具存，何以前后之言如出两人？”直指孙家鼐“深文周内”，不仅“礼部议准之顾炎武固应从祀，即黄宗羲亦应与王夫之一并从祀”；掌陕西道监察御史吴纬炳奏称“不当于二儒独加苛论，亦不得因假托二儒之书者深文归罪”，应将三儒一并从祀；学部左侍郎严修、学部右侍郎宗室宝熙、署邮传部左侍郎吴郁生、大理院正卿定成、大理院少卿刘若曾联衔上奏，更称其时种种新政，“如尚兵学、崇教育、罢科举、通军民、重宰相、用辟召、破资格、设乡官、复两汉三老啬夫之职，所谓甄采各国之良规者，二人实先言之”，不应以一二偏激之语黜其从祀。
奏疏意见纷歧，最后起关键作用的是军机大臣、管学部大臣张之洞。雷瑨《顾亭林黄梨洲王船山三先生从祀记》说：“慈禧遍览各折，意不能决，乃独召询张南皮。南皮坚请断自宸衷，准予从祀，至是议始定。”《石遗先生年谱》说：“顾、黄、王三儒久已从祀，张广雅相国所主张也。”黄濬《花随人圣庵摭忆》说：“顾、黄、王三儒从祀孔庙，出南皮所请也。”《凌霄一士随笔》说：“王夫之、黄宗羲、顾炎武从祀孔子庙，至光绪末年始定，张之洞主持甚力也。”三儒从祀的最后动力出自张之洞，是无可争议的事实，关于张之洞的具体主张，留到后文详述。
光绪三十四年九月二日奉上谕：“礼部会奏一折，王夫之、黄宗羲、顾炎武均著从祀文庙。”延续了三十多年的三儒从祀论争终于以主从派的胜利而告结束。
