几次请祀及其失败除了在一些读书人心中造成过波动，没能引起更多涟漪。清朝的历史在艰难中继续向前滚动。自孔祥霖请祀王夫之以来，《马关条约》、百日维新、义和团运动、庚子事变、清廷“西狩”及还朝、宣布新政相继占据了时代舞台的中心位置。光绪三十一年，即公元1905年，清廷根据袁世凯、张之洞的奏请，又做出一项重大决定：停止科举考试。

科举制度的废除，不惟是选官方式的重大变革，更是学术思想领域的巨变，儒家经典不再悬为功令，各类学堂教授的又主要是各种源于西学的“时务”，这种情况很自然地引起对于中国文化沦亡的担忧。

废除科举制的提议人已经想到了这个问题。袁、张的奏折中提到废除科举之后的“切要之办法数端”，第一条就是“首经学”。他们说，科举时代看上去重视经典，其实习举业之人未必都真的研习经典，只不过是考试题目所在，不得不背诵经文而已。现在虽然停止科举，但新订的学堂章程中，无论小学、中学都限定了读经、讲经、温经的具体时间，不准减少。算起来，中学生一共要读过十部经典、能通大意，才能顺利毕业，再往上的大学堂、通儒院都设有经学专科。言下之意是，新制度要比科举时代更加重视经典。

第二年，学部奏请明定教育之宗旨，宣示天下，其中称“中国政教之所固有，而亟宜发明以距异说者”有两种，一是“忠君”，一是“尊孔”。对于尊孔，学部认为，自从西方学说在中国传播以来，人们往往误认为西方人主张进化，因此事事舍旧从新，以至于狂谬之徒轻视儒教。其实孔子不但是中国万世不祧之宗，也是五洲生民共仰之圣，所以无论大小学堂，都应该把经学作为必修科目。大家从小接受正学的熏陶，成年以后自然不会走上邪路。

学部宣布“教育宗旨”以后，呼应者不乏其人。学部行走、刑部主事姚大荣上疏说，西方国家君主继位之时，首先就要宣布信教誓词，与国民约定宗教一统，原因在于这些国家之人心以宗教为“主位”，主位一定，则百变不离其宗。我国虽然名为尊孔，但视孔子如在“宾位”，孔庙祀典仅列为中祀，十分不妥。姚大荣建议，将孔庙祭祀规格提升为大祀，以实行他所说的“尊孔主义”。

清初定制，以圜丘（祭天）、方泽（祭地）、祈谷、太庙、社稷为大祀，天神、地祇、太岁、朝日、夕月、历代帝王、先师（即孔庙）、先农为中祀，先医等庙、贤良、昭忠等祠为群祀。乾隆中，改常雩（祈雨）为大祀，先蚕为中祀。大祀由天子亲祭，天子有故才遣官告祭，是规格最高的祀典。姚大荣的建议很快得到批准，清朝给了孔子最高的尊荣，也是孔庙历史上最后一次升格。

江苏道监察御史赵启霖看到孔庙升为大祀的消息，遂提出奏请，请求将王夫之、黄宗羲、顾炎武从祀孔庙。时在光绪三十三年（1907）正月二十八日。