此次请祀始于光绪十年（1884）三月二十四日，终于光绪十二年（1886）二月十五日，尽管当时正值中法战争，从祀事务仍然引起了广泛的争论。不过，通观争论的过程，却给人以强烈的错乱感。

首先，是一些高官的认知出乎意料。翰林院掌院学士、清廷最高学术官僚徐桐不知道黄宗羲是谁，还认为《日知录》就是科举考试辅导书的水平。徐桐并非无学之人，只是他笃守程朱，是个坚定的正统派，而顾炎武是考据学宗师、黄宗羲出于阳明一系，因此而难入他法眼。礼部尚书毕道远不谈学问，只看品行，仅凭黄宗羲、顾炎武不与清朝合作，就判定他们品行不佳。这种看法即便放在清廷的立场上，也只能算是一种低水平的政治正确，因为表彰遗民气节以激励臣下本来就是乾隆帝所大力提倡的文化政策。提出黄宗羲、顾炎武从祀呈请的江西学政陈宝琛分不清黄、顾之间的时代关系，奏折中出现了“宗羲倡之于前，炎武继之于后”这种史实性的“硬伤”，以至于李慈铭在日记中甚至说，黄宗羲、顾炎武固当从祀，但从祀之请出于无学之陈宝琛，简直就是二人的耻辱。

其次，主张将顾炎武、黄宗羲从祀孔庙的人极力将他们打扮为道统继承人，结果令他们所描述的二位先儒大失其本来面貌。在支持者口中，顾炎武成了朱子学的嫡派传人，黄宗羲也成了王学末流的反对者，这些判断未见得全错，但绝不是二人的主要面目。在反对者笔下，二人又成了学问“纯驳互见”的普通学者，与清代大批涌现的学问专门家无甚区别。

第三，表面上主从、主驳双方长篇大论、你来我往，各自提出复杂理由，但真正的动机却异常简单。政治偏见决定了礼部尚书的个人态度，礼部尚书的个人态度主导了礼部的官方意见，礼部的官方意见顺理成章地得到内阁的支持，内阁的支持当然很容易就变成最高统治者的最终决定。然而在正式的奏疏中，对黄宗羲、顾炎武的政治立场却未有一字质疑，甚至连表彰气节的话也极少，只有潘祖荫领衔的覆奏在称赞二人经世之学的时候附带提到他们“身丁末运，心在胜朝，自不能奋迹昌期，各抒伟略”云云，大家都在努力回避敏感的政治话题。

既然反对者的真正态度早已决定，双方的争论也就沦为文书往来和文字游戏。比如礼部的驳议以二儒未能“躬行实践”为言，翁同龢等人就对此深致不满，特别指出二人“皆原本忠孝，实事求是，一洗明季空谈心性之敝”，而“礼部原奏议驳，有该故儒‘仅著述家言，未有躬行实践’之语，臣等固不敢矫同立异，致涉纷争，亦不敢疵议先儒，随声附和”，随后由大学士额勒和布领衔的再次覆奏只好改口称两人“笃信好古则有余，纯粹以精则不足”了。但这两句话仍然给支持者留下了把柄。潘祖荫、翁同龢等人再次上疏，针锋相对地提出，就连孔子平生自任，也不过是“信而好古”“好古敏求”，而孔子所谓的“古”，正是尧舜以来相传之道统，礼部既然称该二儒为“笃信好古”，恰好证明了我方观点。类似这种讨论，与其说是对先儒贡献的探研，不如说是力求言词胜过对方的辩论。

不过，尽管有这么多的无效辩论，此次请祀仍然是清代第一场围绕从祀而展开的大规模论争。朝堂上的交锋表明，即便是统治精英内部的思想世界也已经开始分化了。