光绪十年（1884）四月二十二日，军机大臣奉旨，将陈宝琛奏疏交礼部议奏，礼部行文江苏、浙江巡抚咨取书籍。经过一年多的等待，到次年八月，江苏、浙江才将黄宗羲所著书九种，顾炎武所著书五种咨送到部（在后来由李鸿章领衔的覆奏中，提到黄宗羲的著作《孟子师说》《易学象数论》《深衣考》《明儒学案》《今水经》五种，顾炎武的著作《左传杜解补正》《日知录》《天下郡国利病书》《音学五书》《石经考》五种）。

令人惊讶的是，礼部堂司各官对于顾、黄二人竟然十分陌生，翰林院掌院学士徐桐甚至不知道黄宗羲为何许人也。且看李慈铭《越缦堂日记》的记述：

马蔚林来，谓春间陈宝琛奏请以顾炎武、黄宗羲两先生从祀文庙，礼部堂司各官莫知谁何，纷纭至今。（原注：其疏初发钞时，一日，翰林掌院学士接见编、检诸官，朱蓉生往谒，闻掌院与诸学士及办事诸翰林言：“陈伯潜此疏甚奇，顾某尚有小板《日知录》一书，可备后场策科，黄某何人耶？”皆曰然。）今日尚书毕道远发愤谓诸司曰：“二人学问我所不顾，但以品行言，二人在康熙时皆不肯出仕，尚得从祀耶？”因掷还蔚林所呈《国史儒林传》曰：“我必驳！”

时任翰林院掌院学士的是徐桐；马蔚林即马彦森（光绪三年进士），时任礼部主事；朱蓉生即朱一新（1846—1894），时任翰林院编修。《凌霄一士随笔》谓：“慈铭不慊于宝琛，日记中屡加轻诋。至谓道远‘不识一字’，其骂人常用之语也。所云掌院学士，盖指徐桐，以于桐素执门生礼，故未显举其名。”

徐桐和毕道远对黄、顾从祀都表示反对，但各有各的理由。在徐桐的心目中，他们都不算什么大儒：顾炎武倒是有一部《日知录》，以小开本行世，里面有些议论，考科举的时候，虽然写八股文这些正经文章用不上，但写策论的时候可以参考参考，至于黄宗羲则根本没听说过。毕道远或者听说过两人的名字，但知道他们当年都不肯做本朝的官，自然也就不是什么好人，政治立场一票否决，从祀从何谈起。上级对于自己的知识能力如此自信，就算下属拿出《国史儒林传》这样的权威文本作为依据，也无济于事，顾、黄从祀的请求未能得到礼部和翰林院的支持。

有意思的是，在正式提交的驳回意见中，礼部尚书毕道远的真实想法却一字不见。礼部的覆奏首先举出同治二年（1863）的上谕作为依据，这份上谕要求各地慎重，“不得滥请从祀文庙”，如果确实有合适人选，也得将其人生平著作事迹整理后送礼部核查，并列举钦定书籍中引用若干条、论赞若干条，先儒引用若干条、论赞若干条。

紧接着，礼部列举了《四库全书总目提要》对二人著作的负面评价：于黄宗羲，覆奏引《提要》称其《孟子师说》“多阐发良知之理”、《易学象数论》“矫枉过直”、《深衣考》“变乱旧诂，多所乖谬”、《明儒学案》“欲抑王尊薛则不敢（当作“甘”），欲抑薛尊王则不敢……犹有胜国门户之余风”等等，于顾炎武，覆奏引《提要》称其“生于明末，喜谈经世之务，其说或迂而难行，或愎而过锐”、其《天下郡国利病书》“间有矛盾，编次亦绝无体例”、《音学五书》等“有附会泥古之处”等等。把这些评价集合在一起看的话，两人著述简直要不得。

礼部的结论是，二人“其生平学行亦仅著述家言，未有躬行实践”，从祀孔庙的请求不予支持。这个批评源自于道光九年（1829）关于李颙从祀孔庙的上谕：“若仅著述家言，阐明心性，未有躬行实践，超越等伦……”云云，但如果从这个角度来看驳议中指摘黄、顾不能“躬行实践”的话，实在大有可议之处。因为两人身处易代之际，故国之思无时或忘，而且多方谋划，力图恢复，虽然没有陆秀夫、李纲那样显赫的事迹，但是与黄道周、刘宗周等无所轩轾。唯一不同的是，黄道周、刘宗周都在明清易代中殉国，黄宗羲、顾炎武则作为遗民继续生存，不知道这是不是毕道远反对的理由，然而孙奇逢也是遗民，也已经从祀孔庙，不知又如何解释——总之，支持或反对，很多时候只是一种情绪，未必都有道理可讲。

按照此时的程序，礼部议驳的意见要先送到内阁，征得大学士们的同意。自光绪十一年（1885）十一月一日起，内阁开始讨论二人从祀一案，《翁同龢日记》对讨论的过程有着详细的记载：

光绪十一年十一月初一日：是日会议黄黎洲、顾亭（林）两先生从祀孔庙。礼部具驳稿，余未画。（孙燮臣画）

初二日：盛伯羲来议顾黄从祀事，请伊属稿。

初三日：早再访伯寅，以伯羲语告之。

初四日：访伯羲未见，不知奏稿如何也。

初五日：到南斋与伯寅语，其时伯羲尚未送来折稿也。燮臣入，乃将吾家人续送件携入。阅盛稿，极博赡透快，乃与伯寅定议，我二人并孙子授、孙燮臣、龙芝生、盛伯羲联衔同奏，并托伯寅至内阁，于礼部折内代写另奏字。

孙燮臣即孙家鼐，盛伯羲即盛昱，伯寅即潘祖荫，孙子授即孙诒经，龙芝生即龙湛霖。综合《翁同龢日记》及《光绪朝东华录》的记述，可知礼部的驳稿在内阁引起了分歧，翁同龢率先拒绝在驳稿上署名，并请盛昱起草另外一个请准予从祀的奏折，决定由翁同龢、潘祖荫、孙诒经、孙家鼐、龙湛霖、盛昱联名上奏。可以想见，孙家鼐也撤回了在奏稿上的署名。

尽管出现了不同的声音，但是反对者仍是少数，礼部的奏稿仍由大学士李鸿章等会衔上奏：“该学政请将黄宗羲、顾炎武从祀文庙之处，拟毋庸议”，不过因为二人“志节皎然，博赡通贯，足为闾党矜式”，所以应准其入祀乡贤祠，会衔者包括除翁同龢等六人之外的大学士、六部九卿、翰詹科道共一百五十八人。这是在光绪十一年的十一月二十一日。

由潘祖荫领衔、翁同龢等六人联署的请求准予二人从祀的奏折也于同日上奏。从翁同龢日记可知，这篇奏折实由盛昱所撰。该文篇幅超出礼部驳议一倍有余，在回顾了孔庙从祀的历史之后，提出应予从祀的理由共有三大端：

第一，凡从祀先儒，本来应该是“博士弟子所从承学、转相授受之本师”，所谓“将习其道，各祭其师”，可惜后来请祀纷纷，已失本义，如今礼教昌明，应该恢复古法。

本朝经学发达，经师辈出，所有经典都各有专家演习，各有解经著述，堪称极盛，而推原本始，都要追溯到黄宗羲、顾炎武二人。举凡辨证古文尚书之伪、古音韵之学、天算、地理，“凡朴学之专门，皆该二儒之遗绪”，因此“道光年间，京朝各官特建顾炎武祠于京师，春秋祀事，直省学人咸为执事，迄今不绝，盖亦未有之创举矣。臣等以为，人心所在即定论所凭，各省名臣达宦实不乏人，何以区区独祀该故儒？”

第二，道光九年（1829）上谕提出的从祀标准是“学术精纯、经纶卓越”，咸丰十年（1860）的上谕则要求从祀先儒以“阐明圣学、传授道统”为断。查黄宗羲编订《明儒学案》，梳理明朝二百年学术升降之原，虽然出自刘宗周之门，但“于姚江末派痛予斥绝”，又编《宋元学案》，“只斥邪而扶正，不伐异而党同”，其中对朱子推崇备至。顾炎武不立讲学之名，却有行道之实，其论学之旨如“博学于文、行己有耻”“今之理学，禅学也”都醇笃精实，没有嚣张之气、门户之私，称得上“学术精纯”。明末颜钧、何心隐、李贽等人束书不观，流为狂禅，败坏学术，明朝因之而亡，幸有黄宗羲、顾炎武兴起，“自二儒兴而禅学息矣，禅学息而朴学起矣”，当得起“阐明圣学、传授道统”之目。

至于“经纶卓越”，盛昱指出二儒皆以经济之学知名。例如顾炎武《日知录》对比了苏州与正定之粮额，正定辖五州二十七县，苏州辖一州七县，而苏州之粮三百零三万八千石，正定只有十万石，大小轻重差别如此之大，呼吁“后之王者审形势以制郡县，则土田以起征科，乃平天下之先务”。盛昱说，本朝减定“苏松浮粮及增设直隶州、改并州县”之议即源自顾炎武。顾炎武其他著作如《肇域志》《天下郡国利病书》名为舆地之作，实“与黄宗羲《明夷待访录》同为经济家必资之书”，“流传二百余年而读者犹思取法”，并非空言经济者可比。如今“皇上缉熙典学，正当审辨学术以风示天下”，二儒之从祀实在“系乎时政，而非徒滋议论者已”。——请注意，盛昱这里以无关痛痒的口气顺带提及的《明夷待访录》，二十年后将会成为舆论的焦点。

第三，针对礼部驳议所引《四库全书总目提要》，盛昱特别提出《国史儒林传》以对抗：

《钦定国史儒林传》于《黄宗羲传》内，称其“上下古今，穿穴群言，自天文地志、九流百家之教，无不精研”，又称宗羲之学出于蕺山，闻诚意慎独之说，缜密平实，于《顾炎武传》内，谓其“敛华就实，扶敝就衰”，又谓“国朝学有根柢，以炎武为最”，至篇末特笔，谓其在华阴云台观侧建朱子祠，则隐然以紫阳嫡派归之矣。

值得注意的是，礼部反对从祀的覆奏没有提到《国史儒林传》，显然是由于其中对顾、黄二儒只有揄扬而无贬抑，与奏折的论旨不能吻合的缘故，而翁同龢主张从祀的奏折则称顾炎武、黄宗羲“生平学行著于国史，彰于载记”，于《四库提要》不着一言。潘祖荫等以《国史儒林传》的褒扬，冲抵了《四库提要》的贬抑，显示出官方思想权威内部的歧异。

盛昱还对《四库提要》的批评作了解释：“如谓《四库提要》中有一二纠正之语，随即寝议，此正不然。《提要》为叙录之体，意在解题，系专为一书而发，非是统论全书”。所谓“全书”，指的是一个人的全部作品，也就约等于这个人。这里的意思是，《四库提要》的体例只是对某本具体的书提出一些纠正意见，并不是对一个人整体思想的盖棺定论，比如那些已经从祀的先儒，《提要》对他们的著作也多有微词，如果“礼臣必据《提要》之辞，以为论定诸儒之案，即陆世仪等亦不应俎豆于两庑”，应当说这是很有说服力的论证。

最后，这篇奏疏顺带替陈宝琛的失误作了解释，以免授人口实：“即如陈宝琛疏中有‘宗羲倡于前，炎武继于后’二语，查二人生既同时，初无先后之分，学又异派，更无倡继之说，该学政措词偶误，臣等亦不曲为之讳，然因此而遂谓其不明学术，因并斥其所请之人，则固不可也。”可见，陈宝琛的措辞不当此时已经受人指摘，有可能影响到请祀的成功了。

准驳双方相持不下，最高当局难以定夺，只好又令“大学士、六部九卿、翰詹科道再行详议”。

光绪十二年（1886）二月初五日，翁同龢到内阁查询从祀一案，发现“内阁先出一稿，引上谕数条，未加出语，谓不得为躬行实践之儒云云，而洪给谏良品别出一稿，则诋黄学术不正，并及顾矣。”看来内阁的态度仍然是主驳。按洪良品（1826—1896）时任云南道监察御史，他“诋黄学术不正”的奏稿今已不见，也未曾正式上奏。

二月十五日，内阁会议黄、顾从祀一折，结论仍是驳回，由大学士额勒和布领衔上奏。奏疏承认潘祖荫等人的良苦用心，但结论仍是二人“笃信好古则有余，纯粹以精则不足”，维持礼部的驳回意见，仅准入祀乡贤祠。内阁的奏疏没有提出任何新的论证，只是引用了几份要求严格控制从祀人数的上谕，称本朝如黄宗羲、顾炎武者所在多有，如果予以从祀，后来者将逐渐推广泛滥。

主驳者如此，主从者也已经好话说尽。同日，翁同龢与潘祖荫、孙家鼐、孙诒经、周家楣、盛昱、龙湛霖七人再次联衔上奏请准。翁同龢日记中说，这份奏折也只是“申前折语”。查中国第一历史档案馆所藏原奏，确实也只是重复此前的论调，无怪乎实录和《光绪朝东华录》中都没有收录。同一天，内阁学士兼礼部侍郎衔尚贤、太常寺少卿徐致祥也各有一折请准，同样，也只是增加了主从者的数量。

决定来得非常快。当日奉上谕：

兹据额勒和布等仰稽列圣典谟，参考廷臣议论，请照礼臣原奏议驳等语，黄宗羲、顾炎武即著毋庸从祀文庙，仍准其入祀乡贤，以重明禋而昭矜式。

此次黄宗羲、顾炎武从祀孔庙的请求终以失败而告结束。

关于此次请祀的结果，《清史稿·孙家鼐传》说：“江西学政陈宝琛请以先儒黄宗羲、顾炎武从祀文庙，议者多以为未可，家鼐与潘祖荫、翁同龢、孙诒经等再请，始议准。”《清史列传·孙家鼐传》也说：“家鼐与潘祖荫、翁同龢、孙诒经等独请旨准行，比仍议驳，后卒从家鼐议。”揆诸上述史实，两者的记述显然是错误的。不仅如此，事实上到了光绪末年，孙家鼐反而成为三儒从祀最大的阻碍力量之一，“卒从家鼐议”云云，是不足为据的。

胡思敬《国闻备乘》在记述这次争论的时候说：“是时朝臣分南北两党，北党主驳，以李鸿藻为首，孙毓汶、张之万、张佩纶等附之。南党主准，以潘祖荫、翁同龢为首，孙家鼐、孙诒经、汪鸣鸾、李文田、朱一新等附之。”

这里“南党”的名单应当来源于支持者所上的几份奏折。查中国第一历史档案馆所藏军机处录副档案，除陈宝琛的原折之外，主从的奏折共有如下几份：

（1）光绪十一年十一月二十一日，《请将故儒黄宗羲、顾炎武从祀文庙折》，列衔者：署兵部尚书潘祖荫、工部尚书管理国子监事务翁同龢、户部左侍郎孙诒经、户部右侍郎孙家鼐、通政使司通政使周家楣、国子监祭酒盛昱、左春坊左庶子署国子监祭酒龙湛霖、国子监司业奎明、右春坊右中允署国子监司业陈秉和。

（2）光绪十二年二月十五日，《遵旨会议黄宗羲等从祀文庙由》，列衔者：户部尚书翁同龢、工部尚书潘祖荫、署吏部左侍郎通政使司通政使周家楣、户部左侍郎孙诒经、户部右侍郎孙家鼐、国子监祭酒盛昱、署国子监祭酒龙湛霖。

（3）光绪十二年二月十五日，《遵旨会议黄宗羲等从祀文庙由》，列衔者：内阁学士兼礼部侍郎衔尚贤、内阁学士兼礼部侍郎衔汪鸣鸾、翰林院侍讲学士李文田、翰林院侍讲学士梁廷枢、翰林院侍讲学士恽彦彬、詹事府左赞善署国子监司业臧济臣、陕西道监察御史朱一新。

综合这三份奏折的列衔情况，可知主从者以翁同龢、潘祖荫为首，盛昱、孙诒经、孙家鼐等人附之。另据《越缦堂日记》，主从者尚有李慈铭与马彦森。在这个阵营中，除盛昱与尚贤为旗人外，其余均为南方人。另外，光绪十一年盛昱任国子监祭酒时，翁同龢任工部尚书、管理国子监事务，二人关系密切。他进入主从阵营，可能与翁同龢有关。

反对的奏折有两份，其一是光绪十一年十一月二十一日，由大学士李鸿章领衔的《会议先儒黄宗羲等从祀文庙由》，其二是光绪十二年二月十五日，由大学士额勒和布领衔的《遵旨会议先儒黄宗羲、顾炎武从祀文庙折》，由于从祀事件须由大学士、六部九卿等会议，所以列衔的包括中央政府全部主要衙门的主次首长。所不同的是，前折列衔的是除潘祖荫等另折上奏之外的大学士及六部、都察院、通政使司、大理寺的全体堂官共五十一人，后折列衔的除大学士六部九卿之外，还包括内阁、翰林院、詹事府的属官与六科给事中、各道监察御史，人数竟达到一百五十八人之多。自然，其中大部分人都不过是随班签字，例行公事而已，真正主其事的，只不过是少数几个人。

根据目前掌握的材料，确切可知的持反对态度的有吏部尚书徐桐、礼部尚书毕道远，徐桐汉军正蓝旗人，毕道远山东淄川人，二人都是北方人。当时政局确实有南北两派的分争，北党以李鸿藻为首，南党以翁同龢为首，从祀孔庙虽无关于国家实际利害，却是各地荣誉所关，实在是南北党争的好题目。但是前引胡思敬的记述说主驳一派即是北党，“以李鸿藻为首，孙毓汶、张之万、张佩纶等附之”，这个说法得不到档案的支持。

不过有个小细节值得注意：詹事府左赞善、署国子监司业臧济臣的名字居然同时出现在同一天上奏的两份意见针锋相对的奏折中，即光绪十二年二月十五日由额勒和布领衔的议驳奏折与由尚贤领衔的请准奏折中。臧济臣是山东诸城人，但时任国子监司业，是翁同龢的下属。既不愿开罪上司，亦不背地域上的攀缠，也许是他采取这种依违态度的苦衷。