回到光绪二年（1876）的郭嵩焘身上。当他在日记中详细记下刘德、张伯行、王建常被请祀之理由的时候，大概没想到第二天他就奉上谕署理礼部左侍郎，成了从祀事务主管衙门的堂官。
数日忙乱之后，他于八月初六日到礼部上任，同时继续在总理衙门的差使。初九日文庙丁祭，礼部堂官应有一人检查祭仪祭品，这个任务也落在郭嵩焘头上。到二十日，郭嵩焘就提出王夫之从祀孔庙的呈请。
在这份奏折中，郭嵩焘完全没有掩饰此次呈请中的竞争意味。他开宗明义指出本朝已经从祀了理学名儒如陆陇其、汤斌、孙奇逢、张履祥、陆世仪，又提出河南、陕西学政关于三位先儒的呈请，但“我朝经学昌明，远胜前代，而闇然自修，精深博大，罕有能及衡阳王夫之者”。
王夫之在道统序列中如何安置呢？郭嵩焘引用《国史儒林传》称其“神契张载《正蒙》之说，演为《思问录》内外二篇”之语，将王夫之与道统序列中的张载联系起来。王夫之一生服膺张载，还为《正蒙》做注，此说自然有据。郭嵩焘并说，王夫之不但“笃守程朱，任道甚勇”，而且“深造自得，动合经权”，特别对于陆王心学“析之至精，防之至严，卓然一出于正”。
郭嵩焘所举王夫之的著作，首列收入《四库全书》的《周易稗疏》《书经稗疏》《春秋稗疏》《春秋家说》，次及《思问录》《周易内传》《读四书大全》，全部是经学和理学著作，又引《国史儒林传》称他“所著经说，言必征实，义必切理，持论明通，确有据依”，而对船山其他著作仅以“其他经史论说数十种”一语了之，后来最著名的《读通鉴论》《黄书》等著作一字未提。
郭嵩焘请求朝廷令湖南巡抚与学政将王夫之的著作移送礼部，他所圈定的范围也是“曾国藩所刻经说及《张子正蒙注》《思问录》讲明理学之书”。最后郭嵩焘称，如能将王夫之从祀两庑，定能“于表彰理学儒臣，以光圣化，所裨实多”。
日后收入文集时，这篇奏疏题名为“奏为先儒阐明性理诠释经旨有功来学应请饬部会同核议从祀文庙折”，“阐明性理”与“诠释经旨”分别对应的就是“传道”与“传经”两个方面。郭嵩焘这样立论，显然是为了使王夫之能够符合从祀孔庙的所有要求，以求万全。他认为，宋代以后已经从祀孔庙的诸儒固然都合乎“传道”的标准，但是同时具备经学建树的少之又少。朱子自然“传道传经两极其盛”，但“其后从祀诸儒经术湛深”者只有南宋黄榦、元代吴澄两人而已，其余诸人对于经典虽多有讲说，但“卓然成一家者实不多见”，王夫之兼摄传经与传道，“元明诸儒罕能及者”。这是郭嵩焘对王夫之的定位。
郭嵩焘终身服膺船山，在他的论述中，王夫之一直始终是作为“宋五子”的继承者而出现的。在他撰写的《船山祠碑记》中，郭嵩焘先抑后扬：“自有宋濂溪周子倡明道学，程子、朱子继起修明之，于是圣贤修己治人之大法灿然昭著于天下，学者知所宗仰。然六七百年来，老师大儒，缵承弗绝，终无有卓然能继五子之业者……若吾船山王先生者，岂非其人哉？”在为船山祠撰写的祭文中，他不厌其烦，反复申说：“两庑之祀，当在宋五子之列”“允宜追配七十子，位两庑程、邵之班”“衍关、闽、濂、洛之宗风”，这样的大儒，自然可算得“传授道统”。
宋五子之中，与王夫之关系比较密切的有两人，一是周敦颐，因为他是湖南人，是王夫之的“乡前辈”，《船山先生祠安位告文》称“盖濂溪周子与吾夫子，相去七百载，屹立相望。揽道学之始终，亘湖湘而有光”。二是张载，《船山祠碑记》称王夫之“尤心契横渠张子之书”，以致在其《自题墓石》中自称“希张横渠之正学”，作为对自己的盖棺论定。但是周敦颐与王夫之仅是地域上的关系，还谈不到思想的传承，因此王夫之在道统序列中的位置，自然就以张载一支为宜。
郭嵩焘也提到王夫之“发强刚毅，大节凛然”，但举出的事迹却与明清易代无关：“张献忠据衡州，闻夫之积学高行，索之甚急，踪迹得其父为质，夫之引刀毁割肢体几遍，舁往易父，献忠见其创甚，释之，父子皆得脱。更涖吴三桂之乱，避地深山，流离转徙，读书讲道，未尝暂辍，卒能洁身自全”。张献忠、吴三桂在清廷的政治判断中都属于“反面人物”，这里的描述着意回避了王夫之的反清立场。在以后的请祀中，凡涉及王夫之品行气节的，也都首列郭嵩焘举出的这两件事。
郭嵩焘于光绪二年八月二十日提出请祀，九月二十五日就奉命出使英国。从祀王夫之的请求也在第二年被礼部驳回。
这次被驳，背后主其事者是郭嵩焘的继任者，署礼部左侍郎徐桐（1819—1900）。在后来为王夫之和自己辩解的奏折中，郭嵩焘直斥徐桐对他个人的偏见是礼部议驳的根本原因：“署礼部左侍郎徐桐以臣出使西洋，为清议所不容，所请应予驳斥，昌言于众……臣赋性戆直，少读儒先性理之书，即不敢有伪饰，规避取巧尤所不为，以致遭时大诟，累及二百年先儒因臣一言至于议驳，心窃痛之”。他又在自己所编的《湘阴县图志》卷二三《典礼志》中记载道：“光绪二年，署礼部左侍郎郭嵩焘请王夫之从祀两庑，为礼部尚书徐桐所持。”直到三十年后，礼部侍郎郭曾炘在请将三儒从祀孔庙的奏折中还说：“见光绪初年议驳王夫之从祀原案，微闻当日持议不无门户之私”，所谓“门户之私”，指的就是这段公案。
徐桐对郭嵩焘的不满人所共知，但他反对王夫之从祀的公开理由是什么呢？据郭嵩焘称，礼部驳回的依据主要是《四库全书总目提要》对王夫之的指摘，及曾国藩《船山遗书序》中“醇驳互见”的话。曾国藩在为金陵节署本《船山遗书》所撰写的序中说：
先生殁后，巨儒迭兴，或攻良知捷获之说，或辨《易图》之凿，或详考名物、训诂、音韵，正《诗集传》之疏，或修补《三礼》时享之仪，号为卓绝。先生皆已发之于前，与后贤若合符契。虽其著述太繁，醇驳互见，然固可谓博文约礼、命世独立之君子已。
曾国藩所谓“著述太繁，醇驳互见”究竟何指？郭嵩焘在随后的奏折中说，他曾“与曾国藩辩论王夫之遗书醇驳之旨，曾国藩谓‘醇驳互见，在考证之疏密，无关学术之精微’”，应为可信。
实际上，曾国藩的说法还是来源于钦定书籍：《四库全书总目提要》称王夫之《书经稗疏》“虽醇疵互见，而可取者较多焉”，阮元《国史儒林传稿》袭之，称“虽醇疵互见，而可取者多”，曾国藩的序文只不过是遵守权威文本的定评而已。考虑到王夫之的敏感身份，曾国藩的这种引用更像是一种政治上的保险。不管怎样，曾国藩对王夫之倾服终生，但他这篇序文中的用词居然成为后来反对船山从祀的把柄，恐怕是他始料未及的。
曾国藩身兼名儒与名臣的双重身份，声誉极高，因此他的言论可以成为决定孔庙从祀这一国家大典的主要标准。不过更重要的原因恐怕还在于，曾氏是推崇王夫之最重要的人物，既然连他都称其为“醇驳互见”，那么自然不足以从祀孔庙了。礼部的论据对支持者是一个很有力的打击。
在得知礼部议驳以后，郭嵩焘担心此次驳斥将会给以后的请祀造成障碍。因为根据各部惯例，如果某项事件曾遭驳回，那么以后再陈请时，部臣往往援引原案，以曾经议驳为由直接搁置。所以他又于光绪三年十二月九日（1878年1月11日）从伦敦发出一封奏折，重申王夫之应予从祀的各种理由，并请将王夫之从祀一案“饬部存案”，以待嗣后论定。
上折请饬部存案以后，郭嵩焘又分咨礼部、湖广总督及湖南巡抚，动用一切资源来挽回，但是无济于事，上谕认为：“从祀典礼，关系极重，部臣议准议驳自有公论，郭嵩焘因廷臣议驳明儒王夫之从祀文庙，辄以私意揣测，疑为故意驳斥，并请饬部存案，语多失当，殊属非是，原折掷还。”
掷还的日期，《德宗实录》系于“光绪四年二月壬寅”，但是《翁同龢日记》在同年八月初五日有如下记载：“是日巳刻，内阁会议张伯行、王夫之从祀庙廷，张清恪准，王船山驳，皆礼部主稿。”日记中还有小字注解：“驳稿略摭《四库提要存目》中语，断为不足羽翼圣经，继承运统”，同日的《王文韶日记》也证明了这一点。
何冠彪《黄宗羲、顾炎武、王夫之入祀文庙始末》据此认为，既然内阁到八月还在讨论从祀的事，自然不会在二月就掷还了郭嵩焘的奏折，“二月壬寅”应该是清廷收到郭嵩焘奏稿的日期，后来的史官将覆旨误系于此日。但是查中国第一历史档案馆所藏郭嵩焘原折，奉旨的日期确系光绪四年（1878）二月二十二日，另据《翁同龢日记》，内阁会议的仍然是王夫之从祀的提议，而不是郭嵩焘第二次奏疏所说的“存案”，《王文韶日记》亦云“会议张伯行、王夫之请从祀文庙折”。所以，应当是郭嵩焘风闻礼部议驳的时候，礼部的意见还没有拿到内阁会议，他请求饬部存案的奏折被掷还，并没有影响到正常的程序，只是“其议驳者不复宣示”而已。
此外，礼部的覆奏不存于军机处录副奏折中，曹元忠在编《三儒从祀录》的时候也说“当时署礼部左侍郎徐桐覆奏，在礼部遍查不得”。郭嵩焘在《湘阴县图志》中记载此事的时候说“其议驳者不复宣示，非朝廷饬交会议之意也”，可见礼部的议覆其实并未发出。
