继刘宗周之后，第二位从祀孔庙的明季忠臣是黄道周。

黄道周（1585—1646），字幼玄，号石斋，福建漳浦人，明末为官，敢言直谏，朝野知名。北京陷落，黄道周任南明礼部尚书，弘光帝覆亡后，又在唐王小朝廷担任武英殿大学士等职。他募兵筹粮，攻伐清军，后兵败被俘，与门下四君子同日被害。

黄道周的从祀建议，出自翰林院编修、福建侯官人陈寿祺（1771—1834）。道光五年（1825），陈寿祺以“在籍绅士”的身份向福建地方官提出建议，再由闽浙总督赵慎畛正式上奏。

道光九年（1829）刻本《黄忠端公年谱》一开始就完整收录了这份奏疏。陈寿祺的说辞是，黄道周“行完忠孝，学贯天人，著述本于六经，节义兴乎百世”，这都与刘宗周相近，理应比照刘宗周，入祀孔庙。

赵慎畛的奏疏就更加审慎缜密。他先举出《明史》黄道周本传对传主的肯定，又引用《御批通鉴辑览》称赞黄道周“学行推重于天下”的话，然后是乾隆四十一年（1776）赐谥“忠端”，最重要的是乾隆帝上谕说，“刘宗周、黄道周立朝守正，风节凛然，其奏议慷慨极言，忠荩溢于简牍，不愧一代完人”，这句话成为黄道周得以与刘宗周并列的最终依据。

其实这句话是乾隆四十一年十一月皇帝关于四库修书中“违碍书籍”处理方法的指示，虽非对明季诸臣的盖棺定论，但其中褒贬分明，在后来经常被援引。有意思的是，在“不愧一代完人”之前，谕旨原文还有“卒之以身殉国”一句，却被删掉了。《钦定国子监志》《文庙祀典考》等书所录赵慎畛奏疏都缺了这一句，应该不是年谱作者的私自改动。

合理推测是，这是为了避免因黄道周的反清立场而引发争论。其实，刘宗周从祀时，虽然没有引用乾隆四十一年上谕，但所引赐谥原案也没有略去其殉国情节，并未造成麻烦。赵慎畛大概是过于谨慎了。

接下来，奏疏概述了黄道周的学术建树，结论是“盖宗周以诚意为主，而归功于慎独，能阐王守仁之绪言而救其流弊；道周以致知为宗，而止宿于至善，确守朱熹之道脉而独溯宗传”——这是标准的八股文写法，读到这里，不得不佩服科举训练的功效了。

八股文于破题、承题、起讲之后，就进入“股”的部分，要求两两相对、排偶成文，这样的形式，特别适合“一分为二”“辩证统一”的思维方式。赵慎畛将黄道周与刘宗周对举，并强行将二人贴上“一朱一王”的标签，却又不把话说死，真正做到了八股文写作所谓“锁上关下、左右逢源”的要诀。

其实以学术倾向论，黄道周杂采程朱陆王，并不单主一家。他确实偏向朱子学，赵慎畛说他为学“以致知为宗”，黄道周的“致知”并不是王阳明的“致良知”，他曾说“致知只是学耳”，这是典型的朱子学思路。他的门人洪思也说，“黄子学善朱子，素不喜文成良知之说”——但这句话其实就在黄道周《王文成公文集序》中的双行小注中，意在描述黄道周从“不喜”阳明学到承认阳明学的转折。小注还收录了洪思的另外一句话：“黄子之学大则周孔，小则伊孟，亦不尽宗考亭。”序言正文，黄道周说：“明兴，有王文成者出，文成出而明绝学、排俗说、平乱贼、驱鸟兽。大者岁月，小者顷刻，笔致手脱，天地廓然，若仁者之无敌。自伊尹以来，乘昌运、奉显绩，未有盛于文成者也。”可谓极尽揄扬，但奏疏作者就不便引用了。

另外一篇《书王文成公碑后》还记载了他与学生的一段问答。学生问，阳明如何得到那人所未知的东西呢？黄道周回答说，阳明“自家说从践履来，世儒都说从妙悟来，所以差了”。又问：“如何是践履来？”答云：“伊历过许多汤火，岂世儒口耳所就？”照此看来，黄道周对王阳明的学问和践履都是充分承认的，只是对阳明后学的“妙悟”不以为然，这点与刘宗周并无多少差别，至少构不成思想光谱的两端。黄宗羲《明儒学案》将他列入《诸儒学案》，并没有给他以明确的学术史定位，或许就是看到了黄道周思想的这种复杂性。

然而，在朝堂上流转的奏疏，则必须无视先儒思想的内在丰富性，而予以简捷明快的判断，以将其对接进特定谱系。黄道周就这样成了明末朱学一派的代表人物。

从公文角度看，赵慎畛论述确实滴水不漏。礼部覆奏除了重复他的理由，也提不出什么异议。最终，黄道周从祀孔庙东庑，位在罗钦顺之次。