清代是孔庙从祀人数最多的朝代，从祀标准也开始“多元化”了起来。

康熙五十四年（1715），经过两次失败之后，范仲淹得以从祀孔庙。范仲淹的学问、著述都为后人敬仰，不过他在历史上的“第一面目”还是守卫边疆、主持新政的政治家。根据清朝人的说法，这是历史上第一次“于道德学问之外兼取经济非常之才”。（曾国藩等：《议覆李纲从祀文庙疏》，咸丰元年三月十四日）往大了说，这种安排反映了清朝朝廷较为现实主义的政治态度；往小了说，也增加了孔庙祀典与社会事务的联结程度。

不过，康熙对于孔庙从祀的热情始终不高。康熙二十五年（1686），李振裕（1642—1710）和许三礼（1625—1691）上疏要求厘定孔庙从祀位次，主要是宋六子（周敦颐、程颢、程颐、邵雍、张载、朱熹）在从祀序列中的位置问题。这年七月二十六日的起居注里，记载了康熙君臣对此事的讨论。有些大臣主张，宋六子的位次应在左丘明之下、历代先儒之上，另外一些人则主张，应以时代先后确定位次，不必将这几位特为提前。双方各执一词，各有理由，最后康熙帝说：“此事无关国计民生，许三礼辈不过欲沽虚名耳。朕闻九卿会议时，彼此争论纷纷不绝，若他事尽然，岂不有益乎！”这件事就在皇帝的不耐烦中结束了。

对孔庙“扩容”贡献最大的是雍正皇帝。雍正二年（1724）三月，雍正帝太学释奠之后，对儒学一口气提出了三条优待措施：第一条，增加孔庙从祀人数，增置先贤先儒后裔的五经博士；第二条，增加“人文最盛”之州县的学额；第三条，增广乡试解额。

廷臣会议之后，拿出了一个孔庙从祀增入的大名单，首先建议将嘉靖年间改祀于乡及罢祀的十一人复祀，另外再新增从祀十八人。经过雍正帝调整，最终议定复祀六人：林放、蘧瑗、秦冉、颜何、郑玄、范宁，增祀二十人：县亶、牧皮、乐正子、公都子、万章、公孙丑、诸葛亮、尹焞、魏了翁、黄榦、陈淳、何基、王柏、赵复、金履祥、许谦、陈澔、罗钦顺、蔡清、陆陇其。在唐代以后的整个孔庙历史上，这是增祀规模最大的一次。

本来，廷臣建议的名单中还有陆贽、韩琦，被雍正帝驳回，不过仍保留了诸葛亮。这三人都属于范仲淹一类“经济名臣”，而与“传经卫道”关系不大。到道光、咸丰年间，陆贽、韩琦也先后得以从祀孔庙。

乾隆帝的风格与乃父不同，年轻时也曾对孔庙抱有热情。乾隆二年（1737），他接受兵部尚书甘汝来的奏请，恢复了元儒吴澄的从祀。吴澄本来在宣德年间就从祀了孔庙，嘉靖时因为屈身仕元而遭罢祀。次年，乾隆帝又将有子升为第十二哲。但自此以后，终乾隆一朝，孔庙祀位未再有调整。

乾隆十二年（1747），皇帝看到大儒阎若璩（1636—1704）所撰《孔庙从祀末议》十二条，发议论说，孔庙两庑从祀的那些人，历朝历代多有出入，都是出于书生习气，“喜逞臆断而訾典章，就其一偏一曲之见，言人人殊”，甚至还有“迎合时事、党护乡曲”的事。祀典固然重要，但如果“凭其私心浅见，率议更张，忽进忽退，忽东忽西，成何政体”。（《清高宗实录》卷三〇二）

“书生习气”，是乾隆帝对儒臣热衷于议论孔庙祀典的基本判断。后来衍圣公上奏说，孔庙不应从祀告子，因为告子言性恶，乃是孟子的论敌，乾隆帝说：“尚属有理，已批九卿议奏。然亦绝无关系之事，读书人每于此等处沾沾置辨。”（《清高宗实录》卷五〇四）他对孔庙的态度，正是视之为“读书人”之“私”的。

总的来说，乾隆帝根本不相信将故儒送入孔庙可以激励士习，也就是说，不相信榜样的力量。山东按察使沈廷芳奏请增祀多人，乾隆帝竟将沈廷芳开缺，并以非常严厉的口气申斥道：

昨据沈廷芳请增从祀文庙一折，所奏无关紧要，已于折内批示训饬矣（按乾隆帝朱批：增祀之事，议论纷如聚讼，亦无实济政要，故不为也）。身为臬司，自有职任应为之事，所当实力办理者。从祀增损，本无裨于实政，昔人纷纷聚讼，已属无谓，乃摭拾经生家言，连篇累幅，徒为条奏塞责，可乎？国家激劝人才，现在信赏必罚，应之者尚恐不能捷如影响，况以已往之人，用虚名进退，遽望其转移风尚，真所谓不揣其本而齐其末耳。（《清高宗实录》卷六二九）

在读史者看来，乾隆的看法堪称洞见。从祀孔庙固然可以激励人，这不可否认，但能被从祀孔庙“吃冷猪肉”所激励的，恐怕还是以经生宿儒为多，其等而下之者就流为酸腐。清末民初的刘大鹏（1857—1942）所谓“人至没世而莫能分食一块冷肉于孔庙，则为虚生”（刘大鹏：《晋祠志》），常被学者引用来证明孔庙在读书人心目中的地位，其实这是很普遍的乡曲之见，真正在变革时代旋转乾坤的能臣志士倒很少见有类似议论。

嘉庆帝子承父志，一朝没有增祀一人。事实上，自乾隆三年（1738）有子升为先哲之后，孔庙配享与从祀的名单、位次维持了八十多年未曾变动。孔庙的沉寂，直到道光二年（1822）御史马步蟾奏请从祀明儒刘宗周方才被打破。