这个既“公”又“私”的最集中体现，就是孔庙的从祀制度。

本来，早期祭孔典礼中配祀的都是孔子弟子，其中以颜渊最受重视。自唐贞观二十一年（647），太宗诏以左丘明、子夏至杜预、范宁共二十二人配享孔子庙堂，开启以儒者从祀孔子的传统，孔庙从此出现了一条以从祀诸儒构成的统系。后世认为，这二十二人皆与儒家经典的保存与传授有关。

唐开元八年（720），又以《论语》中所谓“孔门四科”即颜回、闵损、冉伯牛、仲弓、宰予、子贡、冉求、子路、子游、子夏为十哲，悉为坐像，又特以曾子坐于十哲之次，并图画七十弟子及二十二贤于庙壁之上，孔庙诸神的等级体系逐渐清晰。

唐宋时代，在孔庙享受馨香之报的圣贤代有增减。经历了孟子地位的迅速上升、王安石跻身配享却又遭摈除等大变化，到南宋咸淳三年（1267），以颜子、曾子、子思、孟子为四配的格局终于稳定。也是在宋代，孔子神主及四配、十哲位列殿上，孔门弟子及从祀后世儒者位列东西两庑的空间安排固定下来。

《文庙祀位考略》两庑先贤位次图

此后的孔庙，就呈现出一种清晰的等级秩序：孔子自然位居顶峰，往下是四配、十哲（康熙时升入朱熹为十一哲，乾隆时升入孔子弟子有子为十二哲），东西两庑之内则是从祀诸儒。嘉靖九年（1530）又把从祀诸儒分为两个等级：孔门弟子称作先贤，左丘明以下的后世儒者称作先儒。两庑之内，先贤、先儒的神主依序排列。

对于唐宋以后的儒生来说，能够从祀孔庙是可望且可及的最高等级的祭祀。因为它不论政治地位的高低、生前声名的显隐，在理论上，只要学行得到承认，就有可能在身后享受这一殊荣，与历代圣贤相揖让，接受帝王将相与后代儒生的崇拜。

这个由儒家之中最杰出人物构成的可见的谱系，很容易被想象为道统的表达。然而，即便在理学内部，道统自朱子以后如何落实，也是个从未达成一致的问题，所以孔庙从祀往往引起广泛的论争，而相关的讨论也总会集中在此人是否足担道统上面。

从祀两庑的标准是什么呢？清代礼学家秦蕙田总结说，唐代以前的儒者能否从祀，主要看是否有功于经学；宋代以后的儒者能否从祀，主要看是否有功于理学（《五礼通考》卷一二〇），但这只是一种理想化的笼统概括，从祀过程中的具体论证远比这个说法复杂。更重要的，从祀由皇帝批准，往往还要经过朝廷的公开讨论，说到底是一项政治行动，它不仅体现一时的学术风尚，还与特定时刻的政治生态有关。

《文庙祀位考略》两庑先儒位次图

从祀制度始于唐贞观二十一年，在之前的贞观四年（630），唐太宗已经下令天下州、县学皆立孔庙，孔子祭祀正式遍及天下，而且深入国家政权机关所在的最下一级。从祀制度也就意味着，从祀孔庙的儒者之神位遍设于天下各州各县，成为全国读书人的共同偶像。明清时代，倘若有被提请从祀孔庙者而遭驳回，往往会由朝廷给一个“祀于其乡”的待遇，在家乡的乡贤祠（一般也设于孔庙之中比较附属性的位置）享受祭祀。这种安慰性的折衷方案，侧面说明从祀孔庙具有超越地方、达于天下的普世性地位，与本乡本土的祭祀不可同日而语。

除了空间上的普遍，从祀孔庙也意味着获得时间上的超越，不再受改朝换代的影响。功名、爵位、官职，大多限于一朝一代，但中国朝代更替如此频繁，直到二十世纪之前，还没有出现新王朝不承认孔庙及从祀诸儒的先例。固然从祀有增有减，但都出于王朝期中一时之决定，不是一朝天子一朝臣的制度惯性安排。正如万历初年朝廷讨论王阳明从祀时，支持从祀的侍读学士陶大临质问反对者礼部尚书陆树声：“朝廷不难以伯酬之，何况庙祀？”陆树声回答：“伯等一时之典，从祀万世之典。”（《春明梦余录》卷二一）给个伯爵没什么，那只是一时的光荣，从祀孔庙却是永恒的尊崇。这是从祀制度“公”的一面。

就“私”的一面而言，孔庙的安排首先是儒士、儒臣们自己内部的事情，大家争来吵去，不见得都是关系国家大政的要务，皇帝最多扮演裁判就足够了。

研究过熊禾、吴澄、王阳明等大儒从祀经过的朱鸿林指出，明朝没有任何一次从祀是皇帝策动的，各个等级的士大夫、甚至低至县学的训导都可以上疏提议从祀某位先儒。一旦有人提议，皇帝就让臣下讨论乃至辩论，如果廷议的意见一致，皇帝通常都会听从，如果意见有分歧，皇帝也只会搁置争议，而在王阳明从祀的例子中，最终起到关键作用的是首辅申时行。（朱鸿林：《儒者从祀孔庙的学术与政治问题》，《孔庙从祀与乡约》，第19—20页）身为首辅，也就意味着申时行乃是最高位阶的士大夫、士大夫之领袖，充分说明从祀孔庙乃是士大夫群体一家之事。

皇权的关切主要体现在孔庙的存在，而不在孔庙里都有谁。研究明儒薛瑄从祀的许齐雄也说，在讨论从祀事务的时候，“这些官员根据各种个人、思想理念、地理和政治的目的作出辩护，其中没有谁的举动是纯粹为了皇帝的利益。这些官员各自提出的各种关怀和观点，主要是在竞争获取公论。”（许齐雄：《北辙：薛瑄与河东学派》，第148页）

所谓“公论”，往往以廷议的方式体现出来。明代沈鲤（1531—1615）说过为什么孔庙从祀一定要经过廷议：“从祀一事，持久不定，必烦廷议者，则以在廷之臣可以尽天下之公议。”（孙承泽：《春明梦余录》卷三八）何以从祀必须“尽天下之公议”，而廷臣就可以代表天下呢？那显然是因为，所谓“天下之公议”，不过是士大夫之公议，而廷臣作为士大夫阶层的最高等级，是有着代表全体士大夫阶层的资格的。

另一方面，从祀也意味着权力对先儒的降服。在争取儒者从祀的过程中，后人往往把先儒塑造成符合正统的特定面貌，也就是说，要对先儒的思想遗产进行筛选、重塑乃至扭曲。而得以进入孔庙，固然可以等同于进入正统，但成为正统之后，学者的面目也都慢慢固定下来，从模糊、暧昧、带着棱角的思想者，转变为正能量的生产家，这是跻身正统的代价。从祀，因此也成为思想史上的一种“暴力”行动。