在最后一次请祀的过程中，三儒的政治身份仍然是议论的重点之一。

赵启霖的原折仅称三人“皆于艰苦卓绝之中，具忠贞笃诚之操”，这是原奏中惟一可能涉及顾、黄、王遗民身份的语句，说得非常模糊、笼统。但是在随后的讨论中，三儒的气节成为主要的议题之一，无论是支持者还是反对者，对于三人的大节、出处全都推服无异词，仅孙家鼐一人例外。如陈衍认为，前此礼臣议驳以三儒出处为言，只不过是借口：

前有奏请者，均遭议驳，礼臣之意，殆以王、黄二儒曾事鲁王、桂王，炎武虽受唐王之召而未往，然皆惓怀故国，之死靡他，揆之孙奇逢、陆世仪、张履祥始终晦迹者微有不同，方诸黄道周、刘宗周国亡死殉者亦觉有异，故迟回审慎，未敢议准，因就其著述，特用苛求欤。

这段话虽是揣测的语气，但对前述礼臣议驳黄、顾从祀是由于政治忌讳的原因亦有旁证之力。陈衍《顾黄王三儒从祀文庙议》并称，顾、黄、王三儒与上述已经从祀诸人异迹同心，“三儒之迹，孙奇逢、陆世仪、张履祥之迹也，三儒之心，黄道周、刘宗周之心也”，现在诸人均已从祀，独有三人尚付阙如，“似于崇儒重道之大公有所未尽”。

胡玉缙《拟准御史赵启霖奏请王夫之、黄宗羲、顾炎武从祀孔庙议》同样认为，三儒与殉节诸臣同其节操：

向使睹明社之已屋，不惜隳其节操，为我世祖章皇帝效驱驰，其功烈亦必可睹。而宁为逸民，宁为处士，恨不与范景文诸人共追芳躅，不愿与刘良臣诸人同列元勋……于《钦定胜朝殉节诸臣录》得其旁比例，又于《国史贰臣传》得其反比例，揆诸高宗纯皇帝之圣意，当亦默许。

《钦定胜朝殉节诸臣录》与《国史贰臣传》在乾隆朝编定，两书一褒一贬，但与传主对新朝的态度却正相反，是清代政权对明末诸臣的盖棺论定，也是评价此类“历史问题”的最权威文本。不过，顾、黄、王三人虽终身抱故国之思，却并未“殉节”，因此不在《钦定胜朝殉节诸臣录》之内。胡玉缙迂回援引这本“钦定书籍”，是想给表彰遗民以合法性的基础。

以刘宗周等人为例说明反清立场无碍从祀孔庙，是在这次从祀争论中常用的论证模式。例如章梫《先儒王夫之、黄宗羲、顾炎武从祀孔庙议》亦称：

或有议者谓，三儒皆胜国遗老，有不满本朝之隐衷，前次驳不准允之故，即在于此。不知伯夷叩马，武王义之，人臣各为其主，乃所以存忠爱之特性，著俎豆之莘莘，若三儒变其素守，曲就功名，则非孔子之徒，何有馨香之典！我朝宽仁正大，为万世立法，黄道周、刘宗周、孙奇逢均以气节道义次第从祀，则于夫之、宗羲、炎武又有何疑乎！

其实，当时几乎已经没有因为三儒是明代遗民而反对其从祀的“议者”了。在反对者中，如胡思敬称“三人皆明季遗老，鼎革后却聘不仕，遂退而著书，志节之高，学问之博，诚有不可及者”，王在宣称“三先生立身行己，类皆艰苦卓绝，有古豪杰风”，又称“三先生者，高风亮节，足以廉顽立懦，师资百世，读其书未尝不想见其人”，龄昌称“此三儒者，考之行谊，灿然验诸人心”，吴国镛称“三儒生际艰屯，忠孝无亏，大节昭垂于天壤”等等，都不讳言三儒忠于前朝的气节、事迹，所反对者乃是他们的政治学术主张，与遗民身份无关。

最终，在礼部议覆的奏折中，对三儒著述中指斥本朝的文字进行了这样的解释：

至于流传刊本，间留墨匡，疑涉指斥，或为该故儒病，则祖宗之世早垂明训。恭绎雍正十一年四月上谕：本朝人刊写书籍，凡遇胡虏、夷狄等字，每作空白，嗣后仍蹈前辙，将此等字样空白及更换者，照大不敬律治罪。仰见圣朝如天之度，向不以文字语言罪人，岂有转设文网以绳前朝遗老，断可知也。

孙家鼐同日上奏的附片中说：“王夫之之著述，其偏驳亦与黄宗羲等。原任大学士曾国藩搜探其书，刊刻以示后学。其中删截无数违悖之字，故其书空格极多，文义不全，不仅胡虏、夷狄等字已也。”——如此看来，曹元忠固然探得了孙家鼐的反对理由，孙家鼐也已经知道了曹元忠的论旨，所以这里才会有“不仅胡虏、夷狄等字”的争辩。然而在所有人众口一词揄扬三儒气节的氛围中，孙家鼐的说法实在显得冬烘过时。

此外，在此次争论中也没有人再称三人为“明儒”，虽然也都承认他们是“胜朝遗献”，但主要还是强调他们“国朝儒宗”的地位。可是，这种称谓却在以三儒为反清旗帜的革命人士那里激起了强烈的不满，比如黄节就撰文称，若清廷将三儒以清儒从祀，“位在国朝儒者之次”，其实是对他们的辱没，因为三人始终以明臣自矢，未尝失节。联想到前引郭嵩焘以“明儒”称王夫之，历史仿佛在这里兜了一个圈子：当朝廷终于祛除了对遗民身份的政治忌讳，倾向革命的士人却开始强调遗民之“遗”，并以之作为反清的利器。