同样是在咸丰九年（1859），河南巡抚瑛棨疏请明儒曹端从祀孔庙。

曹端（1376—1434），字正夫，河南渑池人。明代前期理学家，著有《太极图说述解》《通书述解》《西铭述解》等书，《明史·儒林传》称为“明初理学之冠”。

在晚清从祀孔庙的诸儒中，曹端属于为数不多的“纯正的”理学家。他先后出任山西霍州和蒲州学正，一做就是二十多年，一生没有更多政治作为。瑛棨的奏疏引用《明史》等文献，称曹端诋排佛老、阐扬性理，明代理学家已经从祀的有薛瑄、胡居仁，而曹端开其先路，因此应予从祀。

礼部覆奏除了继续引述《明史·儒林传》、并罗列出更多的曹端著作之外，没有其他内容。然而咸丰十年闰三月十三日（1860年5月3日），这份覆奏到了咸丰帝手中，却得到这样的朱批：

大学士、军机大臣另行妥议具奏，并酌定以后从祀章程，不可漫无限制。若定例原有专条，即不必酌定章程，遵例行，不准援案。

皇帝对于从祀的泛滥已经感到不耐烦。也难怪，道光一朝从祀八位，咸丰朝至今已从祀五位，而且名臣的比重还超过大儒。

大学士等的覆奏首先赞成曹端从祀，位在东庑胡居仁之上。接下来说，“从祀章程，例无明条”，但近些年经常将“忠臣义士、循吏名臣”从祀，其实这些人要么已入昭忠祠，要么已入乡贤祠、名宦祠，像李纲、文天祥甚至已经配享历代帝王庙，尊荣也够了。

惟从祀文庙，应以阐明圣学、传授道统为断。应请嗣后除著书立说、羽翼经传、真能实践躬行者，准各该省督抚胪列事实奏请从祀外，其余忠义激烈者即入祀昭忠祠，言行端方者入祀乡贤祠，以道事君、泽及民庶者入祀名宦祠，概不得滥请从祀文庙。其名臣贤辅已经配享历代帝王庙者，亦毋庸再请从祀文庙，以示区别。

覆奏还建议改变从祀的流程。以前，皇帝把请祀的奏疏批给礼部，礼部提出意见，再由皇帝批准，礼部拥有相当的决定权。覆奏则建议，以后有应该从祀的先儒先贤，应由“该督抚会同学政详加考覆，奏明请旨”，并提供相应资料，然后再由皇帝“饬下大学士、九卿、国子监会同礼部议奏”，礼部在从祀事务上的权力被大大削夺，九卿、国子监也拥有了发言权，最终则由大学士来主导。

咸丰帝同意了这个办法。“著书立说、羽翼经传”成为进入孔庙的首要标准，从祀重新回到学问的轨道上来。更重要的是，咸丰帝传达了一种信息，即孔庙从祀要收紧。

咸丰十一年（1861），浙江巡抚王有龄提请宋儒黄震从祀，礼部议驳，理由是黄震已经入祀本地名贤祠，而且本朝还设有奉祀生一名（奉祀生是从先贤子孙中挑选出来专门负责祭祀的，也算生员的一种，等于不用考试就可以获得秀才的待遇），春秋致祭，就不必从祀孔庙了。

同治元年（1862），顺天学政杨式谷奏请元儒刘因从祀，礼部议驳，理由有三：元代、明代都有人请祀刘因，都被驳回；在刘因本籍容城已有专祠；刘因并无“羽翼圣经、躬行事实”可查，所著之书“均于经籍无所笺注”。

同一年，河南巡抚严树森奏请将明臣吕维祺从祀，礼部议驳，根据是《四库全书总目提要》对他颇有贬辞，而且已经从祀名宦祠、乡贤祠，无须再从祀孔庙。

连续驳回三位，礼部算是明确了态度，后面大学士、九卿、国子监议奏等程序也不用走了。

“从祀章程”的编订显示出朝廷对从祀泛滥的担忧和整顿。新的规定取消了“忠义激烈”“言行端方”“以道事君”者从祀孔庙的资格，这实际上是对频繁从祀名臣的纠正，试图恢复孔庙作为“道统”与“学统”承载者的本来功能。同时，朝廷还指明从祀请求应由各省督抚提出，将其纳入行政轨道，也会大大减少提请从祀的数量。不过，从祀标准还是在“著书立说、羽翼经传”之外，特别加上了“躬行实践”一条，道光九年（1829）谕旨的精神得以固定。