光绪三十三年至三十四年（1907—1908）的这次讨论，参与人数最多、文字资料最富、思想争论最复杂。

在赵启霖请将三儒从祀孔庙的奏折中，无论是“传经”还是“传道”都已经被淡化了，三人的社会政治思想成了支撑他们历史地位的最重要因素。赵启霖在论及王夫之时，于经学著作只举其《周易内传》一种，在简单地称其“于六经皆有纂注”之后，立即强调《读通鉴论》《宋论》能够“剖析古今兴亡得失之故，其言多有裨治体”。对黄宗羲、顾炎武二人的经说，赵启霖几乎只字未提，于黄宗羲称其“所辑《宋元学案》《明儒学案》为七百年来儒林渊薮”，“学派最为博大”，于顾炎武称其“所辑《天下郡国利病书》意主经世，切于实用，其《日知录》一编，尤为终身精诣之书，词旨往复，冀挽回薄俗，跻于隆古。”

赵启霖最后强调，三儒之学对于当今时势尤具特别意义：“其论著之关于政治者，多具运量千载、开物成务之识，于今日变通损益之宜，往往悬合事理，承学之士咸奉为斗杓岱岳，人无间言”，从祀三儒实可以“维系世变”。对比此前请祀时争论双方关于三儒理学与经学成就的反复陈说，历史的变化不可谓不巨。

次年九月一日礼部的覆奏更有意思。此奏先称三人“生当明季，鉴宋以后讲学家空谈性命、不根故训之敝，毅然穷经为天下倡，而后德性、问学，尊、道并行”，本朝经学之所以昌明，“实由东南之间，炎武、宗羲最为大师，宗派流衍，驯至遍于天下”；王夫之著作虽然行世较晚，但是中兴名臣大半出于湖湘，“亦未始非其乡先生教泽之所留贻”；接着又称三人经学著作多收入《四库全书》《皇清经解》等，重申了三儒的经师形象。

这篇覆奏代表朝廷礼仪主管部门的官方意见，在措词上自然会更多地照顾到传统与惯例，所以对三人的传经卫道之功也有不少着墨。但是，覆奏的重点不在这里，而是朝堂之上关于三儒从祀的激烈争论：“炎武所著《宅京记》《郡国利病书》，所言皆天下大计，卓然明论。惟夫之所著《黄书》，其《原极》诸篇既托旨于《春秋》，宗羲所著《明夷待访录》，其《原君》《原臣》诸篇，复取义于《孟子》，狃于所见，似近偏激。”

礼部承认，三儒本“皆有阐明圣学、传授道统之功”，而覆奏只同意将顾炎武从祀而黄、王二人请旨，其根源显然在于三人“经世之书”是否合于时势。也就是说，单只“传经”“传道”，已经不足以将先儒送入孔庙，更重要的还是其“实学”与“时政”的切合程度。至于王夫之、黄宗羲是如何在政治思想“偏激”的情况下还能“传授道统”的，礼部覆奏的写作者似乎并未深思，或者说，“道统”此时已经成为虚无迂远之事，与政治观念可以判然两途。

在廷臣的议论中，重点已经完全转移到了“实学”上。礼部侍郎郭曾炘于礼部覆奏的同日上奏，请求特旨将三人一并从祀，所列举的理由是“宏圣治”“光祀典”“厉实学”“维中学”与“扶世教”逐条，其中“厉实学”一条说：

儒者通经期于致用，《禹贡》治河，《春秋》折狱，三百篇当谏书，汉治所以极隆……自科举取士，学非所用，用非所学，人材衰敝，国势因以陵夷。夫之等生当明季，蒿目时艰，而以身历之变，抒为经世之言，故所学不尚空谈，多经实验，不安卑俗，务在博通。今日中外遍立法政学堂，将以储政事之选，表三儒为帜志，庶几通达知类，蔚成三代之英，是可以厉实学也。

其余“宏圣治”“维中学”“扶世教”三条也都强调三儒学问品谊对当世的示范意义。“光祀典”一条虽然仍称“从祀先儒，汉唐以前功在传经，宋元以后功在明道”，但是又举出诸葛亮、陆贽、韩愈、范仲淹、文天祥诸人“或以经济，或以文章，或以忠义，并足师表千秋，故得崇跻两庑”，而三人虽学派不尽同，皆能“湛深经术”，“其学皆有用之学，其文皆载道之文”，所以将三人崇祀足可有光祀典。这里，“经术”的意义还要靠“有用”来体现。

在郭曾炘的奏疏中，“传经卫道”已经不再是衡量先儒能否从祀的核心因素，“崇德报功”也不再是从祀的目的，一切都依据现实的需要而定，实用主义的态度彻底占了上风。

这次关于三儒从祀的争论，全都围绕着黄宗羲与王夫之两人进行，而辩论的焦点又在于王夫之《黄书》及黄宗羲《明夷待访录》的《原君》《原臣》两篇。无论是“传经”还是“传道”，都已经成了“不急之务”，只有那些关乎时政的政说史论，才是人们关注的核心。